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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pbx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the GroEL-GroES complex with ADP bound to both rings ("tight" conformation). | ||||||
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![]() | CHAPERONE / cryo-EM / chaperonin / GroEL / GroEL-GroES | ||||||
機能・相同性 | ![]() GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | ||||||
![]() | Pichkur, E.B. / Stanishneva-Konovalova, T.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Novel cryo-EM structure of an ADP-bound GroEL-GroES complex. 著者: Sofia S Kudryavtseva / Evgeny B Pichkur / Igor A Yaroshevich / Aleksandra A Mamchur / Irina S Panina / Andrei V Moiseenko / Olga S Sokolova / Vladimir I Muronetz / Tatiana B Stanishneva-Konovalova / ![]() 要旨: The GroEL-GroES chaperonin complex is a bacterial protein folding system, functioning in an ATP-dependent manner. Upon ATP binding and hydrolysis, it undergoes multiple stages linked to substrate ...The GroEL-GroES chaperonin complex is a bacterial protein folding system, functioning in an ATP-dependent manner. Upon ATP binding and hydrolysis, it undergoes multiple stages linked to substrate protein binding, folding and release. Structural methods helped to reveal several conformational states and provide more information about the chaperonin functional cycle. Here, using cryo-EM we resolved two nucleotide-bound structures of the bullet-shaped GroEL-GroES complex at 3.4 Å resolution. The main difference between them is the relative orientation of their apical domains. Both structures contain nucleotides in cis and trans GroEL rings; in contrast to previously reported bullet-shaped complexes where nucleotides were only present in the cis ring. Our results suggest that the bound nucleotides correspond to ADP, and that such a state appears at low ATP:ADP ratios. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55220.105 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GroEL from Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: groL, groEL, mopA, b4143, JW4103 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A6F5 #2: タンパク質 | 分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GroES from Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: groS, groES, mopB, b4142, JW4102 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A6F9 #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ADP-bound GroEL-GroES complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.882 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4.5 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1SX4 Accession code: 1SX4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |