+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p7s | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PoxtA-EQ2 antibiotic resistance ABCF bound to E. faecalis 70S ribosome, state II | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | RIBOSOME / Enterococcus faecalis / PoxtA / ABCF / antibiotic resistance protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Crowe-McAuliffe, C. / Wilson, D.N. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for PoxtA-mediated resistance to phenicol and oxazolidinone antibiotics. 著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Susanne Huch / Marje Kasari / Hiraku Takada / Lilit Nersisyan / Arnfinn Sundsfjord / Kristin Hegstad / Gemma C Atkinson / ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Susanne Huch / Marje Kasari / Hiraku Takada / Lilit Nersisyan / Arnfinn Sundsfjord / Kristin Hegstad / Gemma C Atkinson / Vicent Pelechano / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall ...PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall translating ribosomes when certain amino acids are present at a defined position in the nascent polypeptide chain. These proteins are often encoded on mobile genetic elements, facilitating their rapid spread amongst Gram-positive bacteria, and are thought to confer resistance by binding to the ribosome and dislodging the bound antibiotic. However, the mechanistic basis of this resistance remains unclear. Here we refine the PoxtA spectrum of action, demonstrate alleviation of linezolid-induced context-dependent translational stalling, and present cryo-electron microscopy structures of PoxtA in complex with the Enterococcus faecalis 70S ribosome. PoxtA perturbs the CCA-end of the P-site tRNA, causing it to shift by ∼4 Å out of the ribosome, corresponding to a register shift of approximately one amino acid for an attached nascent polypeptide chain. We postulate that the perturbation of the P-site tRNA by PoxtA thereby alters the conformation of the attached nascent chain to disrupt the drug binding site. #1: ![]() タイトル: Structural basis for PoxtA-mediated resistance to Phenicol and Oxazolidinone antibiotics 著者: Crowe-McAuliffe, C. / Murina, V. / Kasari, M. / Takada, H. / Turnbull, K.J. / Sundsfjord, A. / Hegstad, K. / Atkinson, G.C. / Wilson, D.N. / Hauryliuk, V. #2: ジャーナル: mSphere / 年: 2018 タイトル: The Enterococcus Cassette Chromosome, a Genomic Variation Enabler in Enterococci. 著者: A Sivertsen / J Janice / T Pedersen / T M Wagner / J Hegstad / K Hegstad / ![]() 要旨: has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of ... has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of staphylococcus cassette chromosome elements SCC This novel element termed the enterococcus cassette chromosome (ECC) element was located in the 3' region of and encoded large serine recombinases similar to SCC Horizontal transfer of an ECC element termed ECC:: containing a knock-in chloramphenicol resistance determinant occurred in the presence of a conjugative plasmid. We determined the ECC:: insertion site in the 3' region of in the recipient by long-read sequencing. ECC:: also mobilized by homologous recombination through sequence identity between flanking insertion sequence (IS) elements in ECC:: and the conjugative plasmid. The genes were found in 69 of 516 genomes in GenBank. Full-length ECC elements were retrieved from 32 of these genomes. ECCs were flanked by and sites of approximately 50 bp. The sequences were found by PCR and sequencing of circularized ECCs in three strains. The genes in ECCs contained an amalgam of common and rare genes. Taken together, our data imply that ECC elements act as hot spots for genetic exchange and contribute to the large variation of accessory genes found in is a bacterium found in a great variety of environments, ranging from the clinic as a nosocomial pathogen to natural habitats such as mammalian intestines, water, and soil. They are known to exchange genetic material through horizontal gene transfer and recombination, leading to great variability of accessory genes and aiding environmental adaptation. Identifying mobile genetic elements causing sequence variation is important to understand how genetic content variation occurs. Here, a novel genetic island, the enterococcus cassette chromosome, is shown to contain a wealth of genes, which may aid in adapting to new environments. The transmission mechanism involves the only two conserved genes within ECC, , large serine recombinases that insert ECC into the host genome similarly to SCC elements found in staphylococci. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 211.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 375.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 0
#1: タンパク質 | 分子量: 67890.656 Da / 分子数: 1 / 変異: E184Q, E471Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 12345678FGHIJKMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABDab
#10: RNA鎖 | 分子量: 944000.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#11: RNA鎖 | 分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: RNA鎖 | 分子量: 25751.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: RNA鎖 | 分子量: 504222.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: RNA鎖 | 分子量: 6219.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 cdefghijklmnopqrstu
#35: タンパク質 | 分子量: 29500.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#36: タンパク質 | 分子量: 24415.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 23273.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 17444.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 11621.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 17864.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 14936.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 14271.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 11731.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 13739.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 15309.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 13595.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 7172.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 10668.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 10356.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 10332.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 9262.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 10586.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 8972.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 349分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/SCM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/SCM.gif)
#54: 化合物 | #55: 化合物 | ChemComp-MG / #56: 化合物 | ChemComp-ZN / #57: 化合物 | ChemComp-K / #58: 化合物 | ChemComp-PUT / | #59: 化合物 | ChemComp-SCM / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Grid was prepared by four applications of elution fraction from affinity purification. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 30.255 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3639 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 203231 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29875 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|