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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p3w | ||||||
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タイトル | F1Fo-ATP synthase from Acinetobacter baumannii (state 3) | ||||||
要素 | (ATP synthase ...) x 8 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ATP synthase / ESKAPE / Rotary ATP synthase / F1Fo / peptidisc / bioenergetics / IMP / multi-drug resistance / pathogenic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Demmer, J.K. / Phillips, B.P. / Uhrig, O.L. / Filloux, A. / Allsopp, L.P. / Bublitz, M. / Meier, T. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of ATP synthase from ESKAPE pathogen . 著者: Julius K Demmer / Ben P Phillips / O Lisa Uhrig / Alain Filloux / Luke P Allsopp / Maike Bublitz / Thomas Meier / 要旨: The global spread of multidrug-resistant infections urgently calls for the identification of novel drug targets. We solved the electron cryo-microscopy structure of the FF-adenosine 5'-triphosphate ...The global spread of multidrug-resistant infections urgently calls for the identification of novel drug targets. We solved the electron cryo-microscopy structure of the FF-adenosine 5'-triphosphate (ATP) synthase from in three distinct conformational states. The nucleotide-converting F subcomplex reveals a specific self-inhibition mechanism, which supports a unidirectional ratchet mechanism to avoid wasteful ATP consumption. In the membrane-embedded F complex, the structure shows unique structural adaptations along both the entry and exit pathways of the proton-conducting a-subunit. These features, absent in mitochondrial ATP synthases, represent attractive targets for the development of next-generation therapeutics that can act directly at the culmination of bioenergetics in this clinically relevant pathogen. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p3w.cif.gz | 802.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p3w.ent.gz | 669.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p3w_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p3w_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p3w_validation.xml.gz | 108.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p3w_validation.cif.gz | 175.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase ... , 8種, 22分子 ABCDEFGHJKLOPQRSabpdeg
#1: タンパク質 | 分子量: 55452.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M142, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 50327.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M144, H+-transporting two-sector ATPase #3: タンパク質 | 分子量: 8363.021 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M139 #4: タンパク質 | | 分子量: 32467.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M137 #5: タンパク質 | 分子量: 17009.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M140 #6: タンパク質 | | 分子量: 19525.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M141 #7: タンパク質 | | 分子量: 14551.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M145 #8: タンパク質 | | 分子量: 32135.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 参照: UniProt: A3M143 |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: F1Fo ATP synthase / タイプ: COMPLEX 詳細: State 1 of F1Fo ATP synthase from ESKAPE pathogen Acinetobacter baumannii Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.528 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア) 細胞内の位置: Cell membrane | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was applied directly from gel filtration to ultra-thin carbon in peptidiscs. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: 4ul sample, blotted for 4s at a blotforce of -4. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Data collected at Diamond Light Source (Harwell, UK) using Titan Krios G3 and automated alignments using Sherpa. Detector used was Gatan K3 including energy filter. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 85000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11490 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 349160 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25428 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |