[日本語] English
万見
- PDB-7oy8: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oy8
タイトルCryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
要素
  • (Antenna complex, alpha/beta ...) x 2
  • (Photosynthetic reaction ...) x 2
  • Light-harvesting protein B-870 beta chain
  • Reaction center protein M chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / photosynthesis / light-harvesting complex / reaction centre / purple bacteria / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / Chem-PGW / PHOSPHATE ION / Chem-RQ0 / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-870 beta chain ...Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / Chem-PGW / PHOSPHATE ION / Chem-RQ0 / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center, H-chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qian, P. / Croll, T.I. / Castro, H.P. / Moriarty, N.W. / sader, K. / Hunter, C.N.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
European Research Council (ERC)Synergy Award 854126European Union
Wellcome Trust209407/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex at 2.5 Å.
著者: Pu Qian / Tristan I Croll / David J K Swainsbury / Pablo Castro-Hartmann / Nigel W Moriarty / Kasim Sader / C Neil Hunter /
要旨: The reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complex is the core functional component of bacterial photosynthesis. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 ...The reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complex is the core functional component of bacterial photosynthesis. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 complex from Rhodospirillum rubrum at 2.5 Å resolution, which reveals a unique monomeric bacteriochlorophyll with a phospholipid ligand in the gap between the RC and LH1 complexes. The LH1 complex comprises a circular array of 16 αβ-polypeptide subunits that completely surrounds the RC, with a preferential binding site for a quinone, designated QP, on the inner face of the encircling LH1 complex. Quinols, initially generated at the RC QB site, are proposed to transiently occupy the QP site prior to traversing the LH1 barrier and diffusing to the cytochrome bc1 complex. Thus, the QP site, which is analogous to other such sites in recent cryo-EM structures of RC-LH1 complexes, likely reflects a general mechanism for exporting quinols from the RC-LH1 complex.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Light-harvesting protein B-870 beta chain
2: Antenna complex, alpha/beta subunit
3: Light-harvesting protein B-870 beta chain
4: Antenna complex, alpha/beta subunit
5: Light-harvesting protein B-870 beta chain
6: Antenna complex, alpha/beta subunit
7: Light-harvesting protein B-870 beta chain
8: Antenna complex, alpha/beta subunit
9: Light-harvesting protein B-870 beta chain
A: Antenna complex, alpha/beta subunit
D: Antenna complex, alpha/beta subunit
E: Antenna complex, alpha/beta subunit
F: Antenna complex, alpha/beta subunit
G: Antenna complex, alpha/beta subunit
H: Photosynthetic reaction center, H-chain
I: Light-harvesting protein B-870 beta chain
J: Antenna complex, alpha/beta subunit
K: Light-harvesting protein B-870 beta chain
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Reaction center protein M chain
N: Antenna complex, alpha/beta subunit
O: Light-harvesting protein B-870 beta chain
Q: Light-harvesting protein B-870 beta chain
R: Antenna complex, alpha/beta subunit
S: Light-harvesting protein B-870 beta chain
T: Antenna complex, alpha/beta subunit
U: Light-harvesting protein B-870 beta chain
V: Antenna complex, alpha/beta subunit
W: Light-harvesting protein B-870 beta chain
X: Antenna complex, alpha/beta subunit
Y: Light-harvesting protein B-870 beta chain
Z: Antenna complex, alpha/beta subunit
d: Light-harvesting protein B-870 beta chain
m: Light-harvesting protein B-870 beta chain
n: Light-harvesting protein B-870 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,533103
ポリマ－286,14235
非ポリマー53,39168
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area157910 Å2
ΔGint-1034 kcal/mol
Surface area91030 Å2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 17分子 13579IKOQSUWYdmnM

#1: タンパク質
Light-harvesting protein B-870 beta chain / Antenna pigment protein beta chain / LH-1


分子量: 6083.941 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RQ23
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34234.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RQ26

-
Antenna complex, alpha/beta ... , 2種, 16分子 2468ADEFGJNTVXZR

#2: タンパク質・ペプチド
Antenna complex, alpha/beta subunit


分子量: 5920.986 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RQ24
#6: タンパク質 Antenna complex, alpha/beta subunit


分子量: 7112.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RQ24

-
Photosynthetic reaction ... , 2種, 2分子 HL

#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center, H-chain


分子量: 27976.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RWS4
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein L chain


分子量: 30660.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
参照: UniProt: Q2RQ25

-
糖 , 1種, 1分子

#17: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 439分子

#7: 化合物...
ChemComp-07D / Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 901.425 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H64MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#9: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物 ChemComp-CD4 / (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / tetramyristoyl-cardiolipin / テトラミリストイルカルジオリピン


分子量: 1241.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C65H126O17P2
#11: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-RQ0 / 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 844.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H85NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#16: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum / タイプ: COMPLEX
詳細: A reaction centre light harvesting core complex from purple bacterium ops. rubrum.
Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量値: 297.7 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: S1
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 0.03% beta DDM, pH 8.0
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: HEPES / 式: C8H18N2O4S
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The protein were solubilised using detergent beta DDM, and purified by the use of ion exchange column and size exclusion column. Monodisperse sample was used for cry-EM preparation.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Quantifiol R1.2/1.3 grid, glow discharged. bloting time: 2.5, bloting force 3, waiting time 0

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 12.12 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9024
詳細: total dose of 45 was fractionated to 42 frames within 12.12 second.

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_4234精密化
PHENIXdev_4234精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM1粒子像選択
2EPU10.2画像取得
4CTFFINDCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
9EMAN2初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: Images were motion corrected and CTF corrected.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1519688
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 519005 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11LGH

1lgh

1
23I4D

3i4d

1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 27.18 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003523479
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.951932369
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04723071
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00783582
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.12557921

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る