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- PDB-7otg: Structure of ABCB1/P-glycoprotein in the presence of the CFTR pot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7otg
タイトルStructure of ABCB1/P-glycoprotein in the presence of the CFTR potentiator ivacaftor
要素Multidrug resistance protein 1A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABCB1 / ABC Transporters / Membrane Proteins / Ivacaftor / MDR1 / Multidrug resistance / cryo-em
機能・相同性
機能・相同性情報


Atorvastatin ADME / aldosterone secretion / Prednisone ADME / neural tissue regeneration / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug ...Atorvastatin ADME / aldosterone secretion / Prednisone ADME / neural tissue regeneration / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of intestinal absorption / cellular response to external biotic stimulus / response to cyclosporin A / response to antineoplastic agent / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / negative regulation of sensory perception of pain / carboxylic acid transmembrane transport / floppase activity / ceramide translocation / ABC-family protein mediated transport / response to quercetin / carboxylic acid transmembrane transporter activity / establishment of blood-retinal barrier / protein localization to bicellular tight junction / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / response to thyroxine / xenobiotic transport across blood-brain barrier / establishment of blood-brain barrier / intercellular canaliculus / export across plasma membrane / P-type phospholipid transporter / cardiac muscle cell differentiation / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / transepithelial transport / cellular response to L-glutamate / ABC-type xenobiotic transporter / response to vitamin A / adult heart development / response to vitamin D / response to glucagon / intestinal absorption / response to glycoside / response to alcohol / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / cellular hyperosmotic salinity response / cellular response to alkaloid / female gonad development / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to antibiotic / exploration behavior / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / cellular response to dexamethasone stimulus / response to cadmium ion / transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / lactation / response to progesterone / proteasomal protein catabolic process / neurogenesis / regulation of chloride transport / placenta development / stem cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / brush border membrane / female pregnancy / circadian rhythm / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to toxic substance / cellular response to tumor necrosis factor / epidermal growth factor receptor signaling pathway / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / gene expression / response to hypoxia / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VX7 / ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Ford, R.C. / Barbieri, A. / Thonghin, N. / Shafi, T. / Prince, S.M. / Collins, R.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Membranes (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structure of ABCB1/P-Glycoprotein in the Presence of the CFTR Potentiator Ivacaftor.
著者: Alessandro Barbieri / Nopnithi Thonghin / Talha Shafi / Stephen M Prince / Richard F Collins / Robert C Ford /
要旨: ABCB1/P-glycoprotein is an ATP binding cassette transporter that is involved in the clearance of xenobiotics, and it affects the disposition of many drugs in the body. Conformational flexibility of ...ABCB1/P-glycoprotein is an ATP binding cassette transporter that is involved in the clearance of xenobiotics, and it affects the disposition of many drugs in the body. Conformational flexibility of the protein within the membrane is an intrinsic part of its mechanism of action, but this has made structural studies challenging. Here, we have studied different conformations of P-glycoprotein simultaneously in the presence of ivacaftor, a known competitive inhibitor. In order to conduct this, we used high contrast cryo-electron microscopy imaging with a Volta phase plate. We associate the presence of ivacaftor with the appearance of an additional density in one of the conformational states detected. The additional density is in the central aqueous cavity and is associated with a wider separation of the two halves of the transporter in the inward-facing state. Conformational changes to the nucleotide-binding domains are also observed and may help to explain the stimulation of ATPase activity that occurs when transported substrate is bound in many ATP binding cassette transporters.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin
Item: _citation.country / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13059
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13059
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2702
ポリマ－141,8781
非ポリマー3921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area55400 Å2

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3


分子量: 141877.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P21447, EC: 3.6.3.44
#2: 化合物 ChemComp-VX7 / N-(2,4-di-tert-butyl-5-hydroxyphenyl)-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxamide


分子量: 392.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N2O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of ABCB1/P-glycoprotein in the presence of the CFTR potentiator ivacaftor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: 2.7

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 317000
3次元再構成解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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