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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7olc | ||||||
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タイトル | Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at idle POST state | ||||||
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![]() | RIBOSOME / thermophilic eukaryotic ribosome / 80S / rRNA modifications / nascent chain | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase I core factor complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein kinase regulator activity / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...RNA polymerase I core factor complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein kinase regulator activity / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-translational protein modification / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / ATP-dependent protein folding chaperone / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Kisonaite, M. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution structures of a thermophilic eukaryotic 80S ribosome reveal atomistic details of translocation. 著者: Miglė Kišonaitė / Klemens Wild / Karine Lapouge / Thomas Ruppert / Irmgard Sinning / ![]() 要旨: Ribosomes are complex and highly conserved ribonucleoprotein assemblies catalyzing protein biosynthesis in every organism. Here we present high-resolution cryo-EM structures of the 80S ribosome from ...Ribosomes are complex and highly conserved ribonucleoprotein assemblies catalyzing protein biosynthesis in every organism. Here we present high-resolution cryo-EM structures of the 80S ribosome from a thermophilic fungus in two rotational states, which due to increased 80S stability provide a number of mechanistic details of eukaryotic translation. We identify a universally conserved 'nested base-triple knot' in the 26S rRNA at the polypeptide tunnel exit with a bulged-out nucleotide that likely serves as an adaptable element for nascent chain containment and handover. We visualize the structure and dynamics of the ribosome protective factor Stm1 upon ribosomal 40S head swiveling. We describe the structural impact of a unique and essential macp Ψ 18S rRNA hyper-modification embracing the anticodon wobble-position for eukaryotic tRNA and mRNA translocation. We complete the eEF2-GTPase switch cycle describing the GDP-bound post-hydrolysis state. Taken together, our data and their integration into the structural landscape of 80S ribosomes furthers our understanding of protein biogenesis. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1234
#1: RNA鎖 | 分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 578887.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 8種, 8分子 ABCLhLlLmLsSd
#5: タンパク質 | 分子量: 35149.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9U0 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 32667.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S428 |
#7: タンパク質 | 分子量: 67110.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SCU5, non-chaperonin molecular chaperone ATPase |
#41: タンパク質 | 分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#45: タンパク質 | 分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2H9R2 |
#46: タンパク質 | 分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S8G4 |
#51: タンパク質 | 分子量: 33853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SGP3 |
#81: タンパク質 | 分子量: 6504.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2HB68 |
+60S ribosomal protein ... , 32種, 33分子 LALBLCLDLELFLGLHLILKLLLMLOLPLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLeLfLiLkLn...
-Putative ribosomal ... , 2種, 2分子 LJSS
#17: タンパク質 | 分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHQ2 |
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#70: タンパク質 | 分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S6J7 |
-Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 LNLQLRLgLjSb
#21: タンパク質 | 分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RZ88 |
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#24: タンパク質 | 分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9B5 |
#25: タンパク質 | 分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9T3 |
#40: タンパク質 | 分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SFN0 |
#43: タンパク質 | 分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S101 |
#79: タンパク質 | 分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S1S4 |
-Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq
#37: タンパク質 | 分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SD68 |
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#50: タンパク質 | 分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHJ6 |
+40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSTSUSVSWSXSYSZSaScSeSf
-非ポリマー , 3種, 1524分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | ChemComp-ZN / #86: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Chaetomium thermophilum 80S ribosome / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 32.51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279818 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4V88 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 136.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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