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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7of1 | |||||||||
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タイトル | Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population A from S. cerevisiae | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ribosomal assembly state | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits ...regulation of ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosome biogenesis / ATPase binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Milkereit, P. / Poell, G. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2021 タイトル: Analysis of subunit folding contribution of three yeast large ribosomal subunit proteins required for stabilisation and processing of intermediate nuclear rRNA precursors. 著者: Gisela Pöll / Michael Pilsl / Joachim Griesenbeck / Herbert Tschochner / Philipp Milkereit / 要旨: In yeast and human cells many of the ribosomal proteins (r-proteins) are required for the stabilisation and productive processing of rRNA precursors. Functional coupling of r-protein assembly with ...In yeast and human cells many of the ribosomal proteins (r-proteins) are required for the stabilisation and productive processing of rRNA precursors. Functional coupling of r-protein assembly with the stabilisation and maturation of subunit precursors potentially promotes the production of ribosomes with defined composition. To further decipher mechanisms of such an intrinsic quality control pathway we analysed here the contribution of three yeast large ribosomal subunit r-proteins rpL2 (uL2), rpL25 (uL23) and rpL34 (eL34) for intermediate nuclear subunit folding steps. Structure models obtained from single particle cryo-electron microscopy analyses provided evidence for specific and hierarchic effects on the stable positioning and remodelling of large ribosomal subunit domains. Based on these structural and previous biochemical data we discuss possible mechanisms of r-protein dependent hierarchic domain arrangement and the resulting impact on the stability of misassembled subunits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7of1.cif.gz | 4.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7of1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7of1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7of1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7of1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7of1_validation.xml.gz | 189.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7of1_validation.cif.gz | 326.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/7of1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/7of1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12866MC 7oh3C 7ohpC 7ohqC 7ohrC 7ohsC 7ohtC 7ohuC 7ohvC 7ohwC 7ohxC 7ohyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10776 (タイトル: Nog1 TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae Data size: 8.3 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisisae [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: GenBank: 940534893 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822 |
+60S ribosomal protein ... , 33種, 33分子 ABCEFGHLMNOPQRSTUVXYZacdefghij...
-タンパク質 , 2種, 2分子 Wy
#22: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 |
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#42: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm
#27: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
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#38: タンパク質 | 分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53742 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 ru
#40: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
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#41: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#43: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nog1-TAP associated immature ribosomal particles. / タイプ: RIBOSOME 詳細: Sample obtained from cellular extracts via affinity purification. Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C-derivative laboratory strain | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 5.16 sec. / 電子線照射量: 84.67 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95319 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |