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- PDB-7nsh: 39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nsh
タイトル39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (post) and mtEFG2
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 26
  • 16S rRNA
  • CP tRNAPhe
  • ICT1
  • Mrpl34
  • Ribosomal protein
  • Ribosome-recycling factor, mitochondrial
  • Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial
  • bL17m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • mL42
  • mL44
  • mL52
  • mL53
  • mL54
  • mL62 (ICT1)
  • mL64
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL16m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL2m
  • uL30m
キーワードTRANSLATION / Ribosome / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / ribosome disassembly / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / organelle membrane / RNA processing / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cell cycle / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / GTPase activity / mRNA binding / synapse / GTP binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial / : / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial ...Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial / : / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Double-stranded RNA-binding domain / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL49 ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein mL62 / Mitochondrial ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL34m / Ribosomal protein / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Mitochondrial ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / Large ribosomal subunit protein mL53 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial / Ribosome-recycling factor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kummer, E. / Schubert, K. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO) スイス
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria.
著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban /
要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a screening tool to identify mitochondrial translation termination mechanisms and to describe them in molecular detail. We show how mitochondrial release factor 1a releases the nascent chain from the ribosome when it encounters the canonical stop codons UAA and UAG. Furthermore, we define how the peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 acts as a rescue factor on mitoribosomes that have stalled on truncated messages to recover them for protein synthesis. Finally, we present structural models detailing the process of mitochondrial ribosome recycling to explain how a dedicated elongation factor, mitochondrial EFG2 (mtEFG2), has specialized for cooperation with the mitochondrial ribosome recycling factor to dissociate the mitoribosomal subunits at the end of the translation process.
履歴
登録2021年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12567
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B0: Mitochondrial ribosomal protein L27
BY: uL24m
Ba: Mitochondrial ribosomal protein L37
B8: Mitochondrial ribosomal protein L35
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L38
Bc: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bd: Mitochondrial ribosomal protein L40
Be: Mitochondrial ribosomal protein L41
Bf: mL42
Bg: Mitochondrial ribosomal protein L43
Bh: mL44
Bi: Mitochondrial ribosomal protein L45
Bj: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bk: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
Bl: Mrpl34
Bm: Mitochondrial ribosomal protein L50
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L51
Bo: mL52
Bp: mL53
Bq: mL54
Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bu: mL62 (ICT1)
Bv: mL64
Bw: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A
CL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B1: Mitochondrial ribosomal protein L28
DL: Mitochondrial ribosomal protein L12
EL: Mitochondrial ribosomal protein L12
FL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B9: Ribosomal protein
GL: Mitochondrial ribosomal protein L12
HL: Mitochondrial ribosomal protein L12
BA: 16S rRNA
B2: Mitochondrial ribosomal protein L47
B3: uL30m
B4: bL31m
B5: bL32m
B6: bL33m
B7: Mitochondrial ribosomal protein L34
BB: CP tRNAPhe
BC: Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial
BD: uL2m
BG: Ribosome-recycling factor, mitochondrial
BQ: uL16m
LL: Mitochondrial ribosomal protein L12
BE: ICT1
BF: Mitochondrial ribosomal protein L4
BI: Mitochondrial ribosomal protein L9
BJ: Mitochondrial ribosomal protein L10
BK: Mitochondrial ribosomal protein L11
BN: uL13m
BO: uL14m
BP: uL15m
BR: bL17m
BS: Mitochondrial ribosomal protein L18
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
BU: Mitochondrial ribosomal protein L20
BV: Mitochondrial ribosomal protein L21
BW: uL22m
BX: uL23m
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,021,114290
ポリマ－2,013,89361
非ポリマー7,221229
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 26種, 32分子 B0BaB8BbBcBdBeBgBiBjBmBnBtBxCLDLELFLGLHLLLB1B2B7BFBIBJBKBSBTBUBV

#1: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RT79
#3: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#5: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RW03
#6: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHP6
#7: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L40


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R2V2
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#12: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#13: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRT0
#16: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L50


分子量: 22785.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9H6
#17: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BE26
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BP93
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRH6
#26: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ARV8
#27: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC7
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A119
#42: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B9C4
#43: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LR45
#44: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWJ0
#45: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RU54
#50: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNK1
#51: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#52: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#53: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RY70

+
タンパク質 , 25種, 25分子 BYBfBhBlBoBpBqBuBvB9B3B4B5B6BCBDBGBQBEBNBOBPBRBWBX

#2: タンパク質 uL24m


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#9: タンパク質 mL42


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#11: タンパク質 mL44


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SR64
#15: タンパク質 Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#18: タンパク質 mL52


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7
#19: タンパク質 mL53


分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A341D604
#20: タンパク質 mL54


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN63
#22: タンパク質 mL62 (ICT1)


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#23: タンパク質 mL64


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#28: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A731
#31: タンパク質 uL30m


分子量: 18921.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STE5
#32: タンパク質 bL31m


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#33: タンパク質 bL32m


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LTC4
#34: タンパク質 bL33m


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#37: タンパク質 Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial / RRF2mt / Elongation factor G 2 / mitochondrial / EF-G2mt / mEF-G 2 / Elongation factor G2 / hEFG2


分子量: 83848.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFM2, EFG2, MSTP027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969S9
#38: タンパク質 uL2m


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRN2
#39: タンパク質 Ribosome-recycling factor, mitochondrial / RRF / Ribosome-releasing factor / mitochondrial


分子量: 28689.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96E11
#40: タンパク質 uL16m


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI89
#41: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 43708.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A140UHW4
#46: タンパク質 uL13m


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GP19
#47: タンパク質 uL14m


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMZ6
#48: タンパク質 uL15m


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RSH0
#49: タンパク質 bL17m


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4
#54: タンパク質 uL22m


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RQC9
#55: タンパク質 uL23m


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZZC6

-
39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BkBw

#14: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480J9Z6
#24: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S30


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QIM3

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BABB

#29: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 33320725
#36: RNA鎖 CP tRNAPhe


分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 76262549

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非ポリマー , 6種, 231分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#58: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#59: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#60: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#61: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
139S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (post) and mtEFG2RIBOSOME#1-#550MULTIPLE SOURCES
3mtRRF (post) and mtEFG2RIBOSOME#37, #391RECOMBINANT
239S mammalian mitochondrial large ribosomal subunitRIBOSOME#1-#36, #38, #40-#551NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224731 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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