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- PDB-7nbu: Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbu
タイトルStructure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-site tRNA
  • P-site fMet-tRNA(fMet)
  • Probable endoribonuclease HigB1
  • cspA mRNA
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation ...detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / RNA endonuclease activity / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / negative regulation of translation / response to hypoxia / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-like / Phage derived protein Gp49-like (DUF891) / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site ...Toxin HigB-like / Phage derived protein Gp49-like (DUF891) / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
N-FORMYLMETHIONINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / : ...N-FORMYLMETHIONINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Probable endoribonuclease HigB1 / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Giudice, E. / Mansour, M. / Chat, S. / D'Urso, G. / Gillet, R. / Genevaux, P.
資金援助 フランス, スイス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE12-0026 フランス
Swiss National Science FoundationSNF CRSII3_160703 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Substrate recognition and cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent ...著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent Falquet / Lionel Mourey / Reynald Gillet / Pierre Genevaux /
要旨: Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of ...Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of Mycobacterium tuberculosis, whose inhibition requires the concerted action of the antitoxin and its dedicated SecB-like chaperone. We show that the TAC toxin is a bona fide ribonuclease and identify exact cleavage sites in mRNA targets on a transcriptome-wide scale in vivo. mRNA cleavage by the toxin occurs after the second nucleotide of the ribosomal A-site codon during translation, with a strong preference for CCA codons in vivo. Finally, we report the cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin in the presence of native M. tuberculosis cspA mRNA, revealing the specific mechanism by which the TAC toxin interacts with the ribosome and the tRNA in the P-site to cleave its mRNA target.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / 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改定 2.12024年3月13日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12261
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12261
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: 30S ribosomal protein S21
V: P-site fMet-tRNA(fMet)
W: E-site tRNA
X: cspA mRNA
Y: Probable endoribonuclease HigB1
a: 23S ribosomal RNA
b: 5S ribosomal RNA
c: 50S ribosomal protein L2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: 50S ribosomal protein L5
g: 50S ribosomal protein L6
h: 50S ribosomal protein L9
i: 50S ribosomal protein L13
j: 50S ribosomal protein L14
k: 50S ribosomal protein L15
l: 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31
Z: 50S ribosomal protein L16
m: 50S ribosomal protein L17
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: 50S ribosomal protein L20
q: 50S ribosomal protein L21
r: 50S ribosomal protein L22
s: 50S ribosomal protein L23
t: 50S ribosomal protein L24
u: 50S ribosomal protein L25
v: 50S ribosomal protein L27
w: 50S ribosomal protein L28
x: 50S ribosomal protein L29
y: 50S ribosomal protein L30
z: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L35
3: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,155,043372
ポリマ－2,147,12856
非ポリマー7,916316
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AVWXab

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB U000096.3 545778205 223771-225312 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 817573384
#22: RNA鎖 P-site fMet-tRNA(fMet)


分子量: 24818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 731469900
#23: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Mre 600
#24: RNA鎖 cspA mRNA


分子量: 3144.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: rv3648c (cspA)
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#26: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941822.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB U000096.3 545778205 225759 - 228662 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655
#27: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB U000096.3 545778205 228756 - 228875 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24971.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7V0 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7V3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7V8 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16475.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7W1 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 11996.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P02358 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17162.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P02359 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: A0A4S5AV58
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7W7 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7X3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7R5 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12488.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7R9 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7S3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12738.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7S9 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG59 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0ADZ4 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9136.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7T3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9164.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG63 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 7735.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7T7 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9492.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7U3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7U7 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P68679 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質 , 1種, 1分子 Y

#25: タンパク質 Probable endoribonuclease HigB1 / Toxin HigB1


分子量: 14003.255 Da / 分子数: 1 / Mutation: K95A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P9WJA5
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: higB1, higB, Rv1955 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): AI
参照: UniProt: P9WJA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefghijklZmnopqrstuvwxyz0123

#28: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P60422 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60422
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P60438 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60438
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P60723 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60723
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P62399 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P62399
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG55 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG55
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L9


分子量: 4330.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7R1 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: Q328J6
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AA10 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0ADY3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P02413 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 16900.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0ADY7, P0A7M9,P0ADY7, P0A7M9 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY7, UniProt: P0A7M9
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 5946.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0ADY7 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: A0A3S4NPI3
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13505.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG44 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG44
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0C018 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0C018
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7K6 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7L3 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG48 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG48
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P61175 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P61175
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0ADZ0 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P60624 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60624
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P68919 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68919
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7L8 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7M2 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7M6 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0AG51 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG51
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7N4 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 5928.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7N9 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7P5 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7Q1 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#56: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P0A7Q6 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
非ポリマー , 3種, 316分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA mRNA, on the E. coli Ribosome.RIBOSOME#1-#36, #39-#560MULTIPLE SOURCES
230S Ribosomal subunitCOMPLEX#1-#211NATURAL
350S Ribosomal subunitCOMPLEX#26-#36, #39-#561NATURAL
416S rRNACOMPLEX#12NATURAL
530S ribosomal proteinsCOMPLEX#2-#212NATURAL
623S and 5S rRNACOMPLEX#26-#273NATURAL
750S ribosomal proteinsCOMPLEX#28-#36, #39-#563NATURAL
8P-site fMet-tRNA(fMet)COMPLEX#221MULTIPLE SOURCES
9E-site tRNACOMPLEX#231MULTIPLE SOURCES
10cspA mRNACOMPLEX#241MULTIPLE SOURCES
11HigB1 toxinCOMPLEX#251RECOMBINANTK95A inactive mutant
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
51NO
61NO
71NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
11Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
22Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
33Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
54Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
55Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
76Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
77Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
88Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
99Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
1010Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333MG1655
1111Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773ATCC 25618 / H37Rv
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMHEPES-KOHC8H19N2O5SK1
250 mMKCLKCl1
310 mMMgOAcMgOAc1
410 mMNH4ClNH4Cl1
51 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K / 詳細: blot for 2s before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 6.5 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6381
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 65 / 利用したフレーム数/画像: 1-65

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当beta-commit-c17c89
10RELION3.1最終オイラー角割当beta-commit-c17c89
11RELION3.1分類beta-commit-c17c89
12RELION3.1３次元再構成beta-commit-c17c89
19PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
20Coot0.9 EL (ccp4)モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 294820
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13877 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial local fitting was done chain by chain using Chimera. The model was then refine using coot and phenix.
原子モデル構築PDB-ID: 7K00

7k00


Accession code: 7K00 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 94.15 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0064157215
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.662235261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040930012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004412521
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.755273172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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