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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lj9 | ||||||
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タイトル | Structure of human ATP citrate lyase in complex with acetyl-CoA and oxaloacetate | ||||||
![]() | ATP-citrate synthase | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Wei, X. / Marmorstein, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reply to: Acetyl-CoA is produced by the citrate synthase homology module of ATP-citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Ronen Marmorstein / ![]() #1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Author Correction: Molecular basis for acetyl-CoA production by ATP-citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Gleb A Bazilevsky / Austin Vogt / Ronen Marmorstein / ![]() 要旨: An amendment to this paper has been published and can be accessed via a link at the top of the paper. #2: ![]() タイトル: Molecular basis for acetyl-CoA production by ATP-citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Gleb A Bazilevsky / Austin Vogt / Ronen Marmorstein / ![]() 要旨: ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report ...ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report cryo-EM structures of human ACLY, alone or bound to substrates or products. ACLY forms a homotetramer with a rigid citrate synthase homology (CSH) module, flanked by four flexible acetyl-CoA synthetase homology (ASH) domains; CoA is bound at the CSH-ASH interface in mutually exclusive productive or unproductive conformations. The structure of a catalytic mutant of ACLY in the presence of ATP, citrate and CoA substrates reveals a phospho-citryl-CoA intermediate in the ASH domain. ACLY with acetyl-CoA and oxaloacetate products shows the products bound in the ASH domain, with an additional oxaloacetate in the CSH domain, which could function in ACLY autoinhibition. These structures, which are supported by biochemical and biophysical data, challenge previous proposals of the ACLY catalytic mechanism and suggest additional therapeutic possibilities for ACLY-associated metabolic disorders. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 370.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 273.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120984.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-OAA / #3: 化合物 | ChemComp-ACO / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ACLY in complex with acetyl-CoA and oxaloacetate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 200 mM / 名称: Sodium Chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3624 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 719613 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205702 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3MWD PDB chain-ID: A / Accession code: 3MWD / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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