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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lgw | ||||||
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タイトル | Structure of human Prestin in nanodisc in the presence of NaCl | ||||||
要素 | Prestin | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter family / lipid interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to potassium ion / response to auditory stimulus / chloride:bicarbonate antiporter activity ...lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to potassium ion / response to auditory stimulus / chloride:bicarbonate antiporter activity / response to thyroid hormone / response to salt / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / positive regulation of cell motility / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / spectrin binding / cochlea development / positive regulation of cell size / lateral plasma membrane / regulation of membrane potential / response to ischemia / sensory perception of sound / regulation of cell shape / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ge, J. / Gouaux, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Molecular mechanism of prestin electromotive signal amplification. 著者: Jingpeng Ge / Johannes Elferich / Sepehr Dehghani-Ghahnaviyeh / Zhiyu Zhao / Marc Meadows / Henrique von Gersdorff / Emad Tajkhorshid / Eric Gouaux / 要旨: Hearing involves two fundamental processes: mechano-electrical transduction and signal amplification. Despite decades of studies, the molecular bases for both remain elusive. Here, we show how ...Hearing involves two fundamental processes: mechano-electrical transduction and signal amplification. Despite decades of studies, the molecular bases for both remain elusive. Here, we show how prestin, the electromotive molecule of outer hair cells (OHCs) that senses both voltage and membrane tension, mediates signal amplification by coupling conformational changes to alterations in membrane surface area. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human prestin bound with chloride or salicylate at a common "anion site" adopt contracted or expanded states, respectively. Prestin is ensconced within a perimeter of well-ordered lipids, through which it induces dramatic deformation in the membrane and couples protein conformational changes to the bulk membrane. Together with computational studies, we illustrate how the anion site is allosterically coupled to changes in the transmembrane domain cross-sectional area and the surrounding membrane. These studies provide insight into OHC electromotility by providing a structure-based mechanism of the membrane motor prestin. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lgw.cif.gz | 262.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lgw.ent.gz | 212.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lgw_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lgw_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lgw_validation.xml.gz | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lgw_validation.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82064.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC26A5, PRES / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58743 |
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-非ポリマー , 9種, 125分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-OCT / #5: 化合物 | ChemComp-D10 / #6: 化合物 | ChemComp-D12 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-HP6 / #9: 化合物 | ChemComp-C14 / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Protein structure bound with substrates and lipids / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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