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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l8s | ||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-4 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) | ||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Antanasijevic, A. / Sewall, L.M. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward / ![]() ![]() ![]() 要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 344 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23235MC ![]() 7l7tC ![]() 7l7uC ![]() 7l85C ![]() 7l86C ![]() 7l87C ![]() 7l88C ![]() 7l89C ![]() 7l8aC ![]() 7l8bC ![]() 7l8cC ![]() 7l8dC ![]() 7l8eC ![]() 7l8fC ![]() 7l8gC ![]() 7l8tC ![]() 7l8uC ![]() 7l8wC ![]() 7l8xC ![]() 7l8yC ![]() 7l8zC ![]() 7l90C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-BG505 SOSIP.v5.2(7S) - ... , 2種, 6分子 CEADFB
#1: タンパク質 | 分子量: 56806.613 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16543.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Rh.33172 pAbC-4 - ... , 2種, 2分子 HL
#3: タンパク質 | 分子量: 9549.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: polyclonal antibody of unknown sequence / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 8528.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: polyclonal antibody of unknown sequence / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 4種, 65分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | ![]() #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #7: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #8: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 4521 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 36 / 利用したフレーム数/画像: 1-36 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1121581 / 詳細: Particles picked using template picker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28929 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: 28929 symmetry-expanded particles. See the Methods section of the manuscript for details. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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