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万見
- PDB-7l85: Designed tetrahedral nanoparticle T33-31 presenting BG505 SOSIP t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l85
タイトルDesigned tetrahedral nanoparticle T33-31 presenting BG505 SOSIP trimers
要素
  • BG505 SOSIP-T33-31A
  • BG505 SOSIP-T33-31B
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / vaccine design / protein design / nanoparticles / BG505 / DE NOVO PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Sewall, L.M. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward /
要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic.
履歴
登録2020年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23222
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BG505 SOSIP-T33-31B
A: BG505 SOSIP-T33-31A
C: BG505 SOSIP-T33-31B
D: BG505 SOSIP-T33-31A
E: BG505 SOSIP-T33-31B
F: BG505 SOSIP-T33-31A
G: BG505 SOSIP-T33-31B
H: BG505 SOSIP-T33-31A
I: BG505 SOSIP-T33-31B
J: BG505 SOSIP-T33-31A
K: BG505 SOSIP-T33-31B
L: BG505 SOSIP-T33-31A
M: BG505 SOSIP-T33-31B
N: BG505 SOSIP-T33-31A
O: BG505 SOSIP-T33-31B
P: BG505 SOSIP-T33-31A
Q: BG505 SOSIP-T33-31B
R: BG505 SOSIP-T33-31A
S: BG505 SOSIP-T33-31B
T: BG505 SOSIP-T33-31A
V: BG505 SOSIP-T33-31B
W: BG505 SOSIP-T33-31A
X: BG505 SOSIP-T33-31B
Y: BG505 SOSIP-T33-31A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,53824
ポリマ－304,53824
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: For clarity, all chains are shown, although the tetrahedral symmetry restraints were applied for map reconstruction and coordinate model refinement.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
BG505 SOSIP-T33-31B


分子量: 13679.698 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
BG505 SOSIP-T33-31A


分子量: 11698.429 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33-31
タイプ: COMPLEX
詳細: The map was generated by focused refinement of BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle dataset using a mask around the T33-31 nanoparticle core (masking out the flexibly linked antigens).
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pPPI4
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 4.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle was prepared by combining equimolar amounts of BG505 SOSIP-T33-31A and BG505 SOSIP-T33-31B components that were expressed separately.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 10.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1751
画像スキャン動画フレーム数/画像: 41 / 利用したフレーム数/画像: 1-41

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2Leginon画像取得
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13Cootモデル精密化
14RosettaEMモデル精密化
画像処理詳細: Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 223099 / 詳細: Gaussian picker in Relion/3.0
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110369 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4ZK7

4zk7


Accession code: 4ZK7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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