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万見
- PDB-7kzn: Outer dynein arm core subcomplex from C. reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kzn
タイトルOuter dynein arm core subcomplex from C. reinhardtii
要素
  • (Dynein light chain ...) x 4
  • (Flagellar outer dynein arm ...) x 2
  • DC1
  • DC2
  • Dynein 11 kDa light chain, flagellar outer arm
  • Dynein 18 kDa light chain, flagellar outer arm
  • Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
  • Dynein gamma chain, flagellar outer arm
  • Dynein, 70 kDa intermediate chain, flagellar outer arm
  • Dynein, 78 kDa intermediate chain, flagellar outer arm
  • Heavy chain alpha
  • Outer dynein arm-docking complex protein DC3
キーワードMOTOR PROTEIN / dynein / microtubule / cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / dynein light chain binding / cilium movement / motile cilium assembly / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex ...outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / dynein light chain binding / cilium movement / motile cilium assembly / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / cell projection organization / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / ciliary plasm / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / axoneme / microtubule-based process / enzyme regulator activity / microtubule / calcium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch repeat type 2 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain roadblock-type 1/2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Dynein light chain, type 1/2, conserved site ...Kelch repeat type 2 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain roadblock-type 1/2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / IPT/TIG domain / Kelch-type beta propeller / IPT domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin E-set / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PLD phosphodiesterase domain-containing protein / Dynein light chain roadblock / Uncharacterized protein / Dynein light chain / Mr19,000 outer arm dynein light chain / Dynein, 70 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / Dynein light chain 9 / Dynein gamma chain, flagellar outer arm / Dynein, 78 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / Dynein 11 kDa light chain, flagellar outer arm ...PLD phosphodiesterase domain-containing protein / Dynein light chain roadblock / Uncharacterized protein / Dynein light chain / Mr19,000 outer arm dynein light chain / Dynein, 70 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / Dynein light chain 9 / Dynein gamma chain, flagellar outer arm / Dynein, 78 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / Dynein 11 kDa light chain, flagellar outer arm / Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / Dynein 18 kDa light chain, flagellar outer arm / Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / Dynein light chain roadblock
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Walton, T. / Wu, H. / Brown, A.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of a microtubule-bound axonemal dynein.
著者: Travis Walton / Hao Wu / Alan Brown /
要旨: Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily ...Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily and biochemically distinct from cytoplasmic dyneins that transport cargo, and the mechanisms regulating their localization and function are poorly understood. Here, we report a single-particle cryo-EM reconstruction of a three-headed axonemal dynein natively bound to doublet microtubules isolated from cilia. The slanted conformation of the axonemal dynein causes interaction of its motor domains with the neighboring dynein complex. Our structure shows how a heterotrimeric docking complex specifically localizes the linear array of axonemal dyneins to the doublet microtubule by directly interacting with the heavy chains. Our structural analysis establishes the arrangement of conserved heavy, intermediate and light chain subunits, and provides a framework to understand the roles of individual subunits and the interactions between dyneins during ciliary waveform generation.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23083
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain alpha
B: Flagellar outer dynein arm heavy chain beta
C: Dynein gamma chain, flagellar outer arm
D: Dynein, 78 kDa intermediate chain, flagellar outer arm
E: Dynein, 70 kDa intermediate chain, flagellar outer arm
F: Flagellar outer dynein arm light chain 2
G: Dynein 18 kDa light chain, flagellar outer arm
H: Dynein 11 kDa light chain, flagellar outer arm
I: Dynein light chain roadblock LC7a
J: Dynein light chain roadblock LC7b
K: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
L: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
M: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
N: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
O: Dynein light chain 9
P: Dynein light chain 10
X: DC1
Y: DC2
Z: Outer dynein arm-docking complex protein DC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,862,28519
ポリマ－1,862,28519
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 10種, 13分子 ACDEGHKLMNXYZ

#1: タンパク質 Heavy chain alpha


分子量: 504949.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DV97
#3: タンパク質 Dynein gamma chain, flagellar outer arm


分子量: 513491.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39575
#4: タンパク質 Dynein, 78 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / IC78


分子量: 76628.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39578
#5: タンパク質 Dynein, 70 kDa intermediate chain, flagellar outer arm / IC69 / IC70


分子量: 63594.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P27766
#7: タンパク質 Dynein 18 kDa light chain, flagellar outer arm


分子量: 17807.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39584
#8: タンパク質 Dynein 11 kDa light chain, flagellar outer arm


分子量: 13876.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39579
#11: タンパク質
Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm


分子量: 10336.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39580
#14: タンパク質 DC1


分子量: 10315.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#15: タンパク質 DC2


分子量: 14315.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#16: タンパク質 Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / Outer dynein arm-docking complex subunit 3


分子量: 21371.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7Y0H2

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Dynein light chain ... , 4種, 4分子 IJOP

#9: タンパク質 Dynein light chain roadblock LC7a


分子量: 11946.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9SWQ6
#10: タンパク質 Dynein light chain roadblock LC7b


分子量: 11132.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IY95
#12: タンパク質 Dynein light chain 9


分子量: 12993.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q2VIY5
#13: タンパク質 Dynein light chain 10


分子量: 12101.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J5C4

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抗体 / Flagellar outer dynein arm ... , 2種, 2分子 BF

#2: 抗体 Flagellar outer dynein arm heavy chain beta


分子量: 520510.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J1M5
#6: タンパク質 Flagellar outer dynein arm light chain 2 / Mr19 / 000 outer arm dynein light chain


分子量: 15903.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: O04355

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: ODA core subcomplex / タイプ: COMPLEX
詳細: IC-LC block with partial N-terminal tails of the heavy chains
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.4
詳細: Buffer also contained 1x Protease Arrest (G-Biosciences)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPES1
225 mMKCl1
35 mMMgSO41
40.5 mMEGTA1
510 mMATP1
60.75 mMCaCl21
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Splayed axonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii flagella.
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples ...詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples were prepared by first blotting for 10 s with blot force set to 16 and immediately plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 61.48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20524
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM3.6 and 3.7画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 0 ° / 軸方向距離/サブユニット: 82 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 5584147
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485694
詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA core map. The three focused refinements centered on IC1-LC7a/b (3.6 A resolution), IC2 (3.5 A resolution), and ...詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA core map. The three focused refinements centered on IC1-LC7a/b (3.6 A resolution), IC2 (3.5 A resolution), and the LC8s (4.0 A resolution).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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