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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kgf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structures of AdeB from Acinetobacter baumannii: AdeB-III | ||||||
要素 | Efflux pump membrane transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / AdeB / Acinetobacter baumannii / Membrane Protein / Cryo-EM / RND transporter | ||||||
機能・相同性 | Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | ||||||
データ登録者 | Morgan, C.E. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2021 タイトル: Cryoelectron Microscopy Structures of AdeB Illuminate Mechanisms of Simultaneous Binding and Exporting of Substrates. 著者: Christopher E Morgan / Przemyslaw Glaza / Inga V Leus / Anhthu Trinh / Chih-Chia Su / Meng Cui / Helen I Zgurskaya / Edward W Yu / 要旨: is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic ... is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic pathogens is a major cause of failure of drug-based treatments of infectious diseases. The best-characterized multidrug efflux system in is the prevalent rug fflux B (AdeB) pump, which is a member of the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily. Here, we report six structures of the trimeric AdeB multidrug efflux pump in the presence of ethidium bromide using single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). These structures allow us to directly observe various novel conformational states of the AdeB trimer, including the transmembrane region of trimeric AdeB can be associated with form a trimer assembly or dissociated into "dimer plus monomer" and "monomer plus monomer plus monomer" configurations. We also discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ethidium ligands and that different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. Combined with molecular dynamics (MD) simulations, we reveal a drug transport mechanism that involves multiple multidrug-binding sites and various transient states of the AdeB membrane protein. Our data suggest that each AdeB protomer within the trimer binds and exports drugs independently. has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant Gram-negative pathogens. The prevalent AdeB multidrug efflux pump mediates resistance to a broad spectrum of clinically relevant antimicrobial agents. Here, we report six cryo-EM structures of the trimeric AdeB pump in the presence of ethidium bromide. We discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ligands, and different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. The results indicate that each AdeB protomer within the trimer recognizes and extrudes drugs independently. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kgf.cif.gz | 505.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kgf.ent.gz | 416.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kgf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kgf_validation.pdf.gz | 894.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kgf_full_validation.pdf.gz | 927.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kgf_validation.xml.gz | 76.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kgf_validation.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/7kgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/7kgf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 112588.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: adeB, acrB, 32_436, CBI29_01998, EA686_00900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FD70 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AdeB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2.15 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25060 / 対称性のタイプ: POINT |