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万見
- PDB-7kge: Cryo-EM Structures of AdeB from Acinetobacter baumannii: AdeB-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kge
タイトルCryo-EM Structures of AdeB from Acinetobacter baumannii: AdeB-II
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AdeB / Acinetobacter baumannii / Membrane Protein / Cryo-EM / RND transporter
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Morgan, C.E. / Yu, E.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Cryoelectron Microscopy Structures of AdeB Illuminate Mechanisms of Simultaneous Binding and Exporting of Substrates.
著者: Christopher E Morgan / Przemyslaw Glaza / Inga V Leus / Anhthu Trinh / Chih-Chia Su / Meng Cui / Helen I Zgurskaya / Edward W Yu /
要旨: is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic ... is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic pathogens is a major cause of failure of drug-based treatments of infectious diseases. The best-characterized multidrug efflux system in is the prevalent rug fflux B (AdeB) pump, which is a member of the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily. Here, we report six structures of the trimeric AdeB multidrug efflux pump in the presence of ethidium bromide using single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). These structures allow us to directly observe various novel conformational states of the AdeB trimer, including the transmembrane region of trimeric AdeB can be associated with form a trimer assembly or dissociated into "dimer plus monomer" and "monomer plus monomer plus monomer" configurations. We also discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ethidium ligands and that different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. Combined with molecular dynamics (MD) simulations, we reveal a drug transport mechanism that involves multiple multidrug-binding sites and various transient states of the AdeB membrane protein. Our data suggest that each AdeB protomer within the trimer binds and exports drugs independently. has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant Gram-negative pathogens. The prevalent AdeB multidrug efflux pump mediates resistance to a broad spectrum of clinically relevant antimicrobial agents. Here, we report six cryo-EM structures of the trimeric AdeB pump in the presence of ethidium bromide. We discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ligands, and different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. The results indicate that each AdeB protomer within the trimer recognizes and extrudes drugs independently.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22867
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Efflux pump membrane transporter
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,9676
ポリマ－337,7653
非ポリマー2,2023
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16180 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area122590 Å2

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要素

#1: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 112588.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: adeB, acrB, 32_436, CBI29_01998, EA686_00900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FD70
#2: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AdeB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 2.15 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95552 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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