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万見
- PDB-7k7k: Structure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7k
タイトルStructure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament
要素Translocon EspA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Transport / filament / secretion system
機能・相同性EspA-like secreted protein / EspA-like secreted protein / EspA/CesA-like / Translocon EspA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Lyons, B.J.E. / Atkinson, C.E. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the EspA filament from enteropathogenic Escherichia coli: Revealing the mechanism of effector translocation in the T3SS.
著者: Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Wanyin Deng / Antonio Serapio-Palacios / B Brett Finlay / Natalie C J Strynadka /
要旨: The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it ...The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it interacts with the host cell to deliver virulence factors. Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is unique in adopting a needle extension to the T3SS-a filament formed by EspA-which is absolutely required for efficient colonization of the gut. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of native EspA filaments from EPEC at 3.6-Å resolution. Within the filament, positively charged residues adjacent to a hydrophobic groove line the lumen of the filament in a spiral manner, suggesting a mechanism of substrate translocation mediated via electrostatics. Using structure-guided mutagenesis, in vivo studies corroborate the role of these residues in secretion and translocation function. The high-resolution structure of the EspA filament could aid in structure-guided drug design of antivirulence therapeutics.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22701
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22701
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocon EspA
B: Translocon EspA
C: Translocon EspA
D: Translocon EspA
E: Translocon EspA
F: Translocon EspA
G: Translocon EspA
H: Translocon EspA
I: Translocon EspA
J: Translocon EspA
K: Translocon EspA
L: Translocon EspA
M: Translocon EspA
N: Translocon EspA
O: Translocon EspA
P: Translocon EspA
Q: Translocon EspA
R: Translocon EspA
S: Translocon EspA
T: Translocon EspA
U: Translocon EspA
V: Translocon EspA
W: Translocon EspA
X: Translocon EspA
Y: Translocon EspA
Z: Translocon EspA
a: Translocon EspA
b: Translocon EspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,51928
ポリマ－573,51928
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area114040 Å2
ΔGint-668 kcal/mol
Surface area216020 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Translocon EspA


分子量: 20482.811 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 参照: UniProt: B7UM94

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: EspA filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 0.475 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 64.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15523 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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