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万見
- PDB-7ju4: Radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet micro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ju4
タイトルRadial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
要素
  • (Dynein regulatory complex subunit ...) x 2
  • (Flagellar-associated protein ...) x 2
  • (Radial spoke protein ...) x 4
  • 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal
  • Actin
  • CFAP91 domain-containing protein
  • Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
  • Dynein regulatory complex protein 1
  • FAP207
  • FAP253
  • Radial spike protein 8
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
  • Unknown protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / native / complex / microtubule / mechanoregulation
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm / axonemal dynein complex / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / dynein heavy chain binding ...axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm / axonemal dynein complex / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / dynein heavy chain binding / motile cilium assembly / dynein complex / ciliary plasm / motile cilium / axoneme / microtubule-based process / acrosomal vesicle / GTPase activator activity / structural constituent of cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / small GTPase binding / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dynein regulatory complex protein 1, C-terminal / Radial spoke protein 14 / : / Sperm tail C-terminal domain / Axonemal dynein light chain / Axonemal dynein light chain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Coiled-coil domain-containing protein 39 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein ...Dynein regulatory complex protein 1, C-terminal / Radial spoke protein 14 / : / Sperm tail C-terminal domain / Axonemal dynein light chain / Axonemal dynein light chain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Coiled-coil domain-containing protein 39 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / : / IQUB-like domain / Growth arrest-specific protein 8 domain / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal / Dynein regulatory complex protein / Growth-arrest specific micro-tubule binding / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Sperm tail / Radial spoke 3 / Radial spoke protein 3 / : / : / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / MORN motif / MORN repeat / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / EF hand / IQ calmodulin-binding motif / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / EF-hand domain pair / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Actins signature 1. / Beta tubulin / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Actin / Actin family / Actin / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Leucine-rich repeat / EF-hand domain pair / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / ATPase, nucleotide binding domain / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Flagellar-associated protein 172 / Flagellar-associated protein 59 / IQ motif and ubiquitin-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / MORN repeat-containing protein 3 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / EF-hand domain-containing protein ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Flagellar-associated protein 172 / Flagellar-associated protein 59 / IQ motif and ubiquitin-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / MORN repeat-containing protein 3 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dynein regulatory complex subunit 2 / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Dynein regulatory complex protein 1 / Actin / Radial spoke protein 11 / Radial spike protein 8 / Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal / Dynein regulatory complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Gui, M. / Ma, M. / Sze-Tu, E. / Wang, X. / Koh, F. / Zhong, E. / Berger, B. / Davis, J. / Dutcher, S. / Zhang, R. / Brown, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of radial spokes and associated complexes important for ciliary motility.
著者: Miao Gui / Meisheng Ma / Erica Sze-Tu / Xiangli Wang / Fujiet Koh / Ellen D Zhong / Bonnie Berger / Joseph H Davis / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two ...In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two complementary cryo-EM strategies to determine structures of the major mechanoregulators that bind ciliary doublet microtubules in Chlamydomonas reinhardtii. We determine structures of isolated radial spoke RS1 and the microtubule-bound RS1, RS2 and the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). From these structures, we identify and build atomic models for 30 proteins, including 23 radial-spoke subunits. We reveal how mechanoregulatory complexes dock to doublet microtubules with regular 96-nm periodicity and communicate with one another. Additionally, we observe a direct and dynamically coupled association between RS2 and the dynein motor inner dynein arm subform c (IDAc), providing a molecular basis for the control of motor activity by mechanical signals. These structures advance our understanding of the role of mechanoregulation in defining the ciliary waveform.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22481
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22481
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Dynein regulatory complex subunit 4
1: Dynein regulatory complex protein 1
2: Dynein regulatory complex subunit 2
3: Unknown protein
4: Dynein regulatory complex subunit 4
6: Tubulin beta
7: Tubulin alpha
8: Tubulin beta
9: Tubulin alpha
A: Flagellar-associated protein 59
B: Flagellar-associated protein 172
C: Tubulin beta
D: Tubulin alpha
E: Radial spoke protein 3
F: Radial spoke protein 3
G: Tubulin beta
H: Tubulin alpha
I: Tubulin beta
J: Tubulin alpha
K: Tubulin beta
L: Tubulin alpha
M: Radial spoke protein 7
N: Radial spoke protein 7
O: Tubulin beta
P: Tubulin alpha
Q: Tubulin beta
R: Tubulin alpha
S: Tubulin beta
T: Tubulin alpha
U: Radial spoke protein 11
V: Radial spoke protein 11
W: Tubulin beta
X: Tubulin alpha
Y: Tubulin beta
Z: Tubulin alpha
a: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
b: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
c: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
d: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
e: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
f: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
g: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
h: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
i: Tubulin beta
j: Tubulin alpha
k: Tubulin beta
l: Radial spoke protein 15
m: FAP207
n: Radial spike protein 8
o: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
p: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
q: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
r: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
s: FAP253
t: Tubulin alpha
u: Actin
v: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal
w: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal
x: CFAP91 domain-containing protein
y: Tubulin beta
z: Tubulin alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,675,852104
ポリマ－2,661,47561
非ポリマー14,37743
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Dynein regulatory complex subunit ... , 2種, 3分子 042

#1: タンパク質 Dynein regulatory complex subunit 4 / Growth arrest-specific protein 8 homolog / Protein PF2


分子量: 55207.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7XJ96
#3: タンパク質 Dynein regulatory complex subunit 2 / Coiled-coil domain-containing protein 65 homolog / Flagellar-associated protein 250


分子量: 64986.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JB22

-
タンパク質 , 11種, 49分子 1368CGIKOQSWYiky79DHJLPRTXZjtz...

#2: タンパク質 Dynein regulatory complex protein 1


分子量: 79454.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P0DL09
#4: タンパク質 Unknown protein


分子量: 6145.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#5: タンパク質
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#6: タンパク質
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204
#12: タンパク質
Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm


分子量: 10336.775 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39580
#14: タンパク質 FAP207


分子量: 28418.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DJP7
#15: タンパク質 Radial spike protein 8 / Radial spoke protein 8


分子量: 40537.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU6
#16: タンパク質 FAP253


分子量: 75037.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D359
#17: タンパク質 Actin


分子量: 41881.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P53498
#18: タンパク質 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal / p28


分子量: 28691.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39604
#19: タンパク質 CFAP91 domain-containing protein / FAP91


分子量: 134440.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DJU2

-
Flagellar-associated protein ... , 2種, 2分子 AB

#7: タンパク質 Flagellar-associated protein 59 / CCDC39


分子量: 105504.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A0A1H1F6
#8: タンパク質 Flagellar-associated protein 172 / CCDC40


分子量: 101385.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A0A1GYE8

-
Radial spoke protein ... , 4種, 7分子 EFMNUVl

#9: タンパク質 Radial spoke protein 3


分子量: 56856.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J2J7
#10: タンパク質 Radial spoke protein 7


分子量: 54781.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DL29
#11: タンパク質 Radial spoke protein 11


分子量: 21504.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU3
#13: タンパク質 Radial spoke protein 15


分子量: 35302.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DEQ5

-
非ポリマー , 4種, 43分子

#20: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#21: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#22: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#23: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 38.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5RELION3.1CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202168 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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