[日本語] English
万見
- PDB-7jti: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jti
タイトルInterphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex with a monoclonal antibody (F3F5 mAb5)
要素
  • (Retinol-binding protein ...) x 4
  • mAb5 Fab heavy chain
  • mAb5 Fab light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / IRBP / retinoid / Interphotoreceptor retinoid-binding protein / Antibody / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cone matrix sheath / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / all-trans-retinol binding / oleic acid binding / retinal binding / retinol binding / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of Peptidase_S41 in eukaryotic IRBP / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 3 / Retinol-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Sears, A.E. / Albiez, S. / Gulati, S. / Wang, B. / Kiser, P. / Kovacik, L. / Engel, A. / Stahlberg, H. / Palczewski, K.
資金援助 米国, スイス, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY024864 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY027283 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)T32 GM002750 米国
Swiss National Science FoundationNCCR TransCure スイス
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2020
タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody.
著者: Avery E Sears / Stefan Albiez / Sahil Gulati / Benlian Wang / Philip Kiser / Lubomir Kovacik / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Krzysztof Palczewski /
要旨: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and ...Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and polyunsaturated fatty acid transport between the neural retina and retinal pigment epithelium. Despite two crystal structures reported on fragments of IRBP and decades of research, the overall structure of IRBP and function within the visual cycle remain unsolved. Here, we studied the structure of native bovine IRBP in complex with a monoclonal antibody (mAb5) by cryo-electron microscopy, revealing the tertiary and quaternary structure at sufficient resolution to clearly identify the complex components. Complementary mass spectrometry experiments revealed the structure and locations of N-linked carbohydrate post-translational modifications. This work provides insight into the structure of IRBP, displaying an elongated, flexible three-dimensional architecture not seen among other retinoid-binding proteins. This work is the first step in elucidation of the function of this enigmatic protein.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22474
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: mAb5 Fab light chain
H: mAb5 Fab heavy chain
A: Retinol-binding protein 3
B: Retinol-binding protein 3
C: Retinol-binding protein 3
D: Retinol-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,6206
ポリマ－177,6206
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, ELISA also shown in manuscript to provide evidence.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Retinol-binding protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 Retinol-binding protein 3 / Interphotoreceptor retinoid-binding protein / IRBP / Interstitial retinol-binding protein / Protein 7S


分子量: 33267.301 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 1 (UNP residues 329-631) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: eye / 組織: retina / 参照: UniProt: P12661
#4: タンパク質 Retinol-binding protein 3


分子量: 33386.637 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1Q9N9*PLUS
#5: タンパク質 Retinol-binding protein 3 / Interphotoreceptor retinoid-binding protein / IRBP / Interstitial retinol-binding protein / Protein 7S


分子量: 32399.768 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 3 (UNP residues 633-932) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12661
#6: タンパク質 Retinol-binding protein 3 / Interphotoreceptor retinoid-binding protein / IRBP / Interstitial retinol-binding protein / Protein 7S


分子量: 32192.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 4 (UNP residues 936-1231) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12661

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 mAb5 Fab light chain


分子量: 22596.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 mAb5 Fab heavy chain


分子量: 23777.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibodyCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2monoclonal antibody F3F5 mAb5COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)COMPLEX#3-#61NATURAL
分子量値: 0.193 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
23Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
30.01 %DDM1
41.0 mMSTT1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample had minor aggregation but was overall monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2649
詳細: Images were collected in movie mode at 35 frames per second.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 1000 / 縦: 1000 / 動画フレーム数/画像: 35

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cisTEMCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
12PHENIX３次元再構成
13UCSF Chimera３次元再構成
14UCSF Chimeraモデル精密化
画像処理詳細: The selected images were low-pass filtered and normalized.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 281804
詳細: Ab initio, cisTEM processing using low-pass filtered reconstruction
3次元再構成解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 17900 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 156 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 1J7X

1j7x


PDB chain-ID: A

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る