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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jm3 | ||||||||||||
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タイトル | Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer | ||||||||||||
要素 | Matrix protein 1 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / influenza A / virus / matrix layer / M1 protein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Su, Z. / Pintilie, G. / Selzer, L. / Chiu, W. / Kirkegaard, K. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer. 著者: Lisa Selzer / Zhaoming Su / Grigore D Pintilie / Wah Chiu / Karla Kirkegaard / 要旨: Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an ...Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an oligomeric layer critical for particle stability and pH-dependent RNA genome release. However, high-resolution structures of full-length monomeric M1 and the matrix layer have not been available, impeding antiviral targeting and understanding of the pH-dependent transitions involved in cell entry. Here, purification and extensive mutagenesis revealed protein-protein interfaces required for the formation of multilayered helical M1 oligomers similar to those observed in virions exposed to the low pH of cell entry. However, single-layered helical oligomers with biochemical and ultrastructural similarity to those found in infectious virions before cell entry were observed upon mutation of a single amino acid. The highly ordered structure of the single-layered oligomers and their likeness to the matrix layer of intact virions prompted structural analysis by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The resulting 3.4-Å-resolution structure revealed the molecular details of M1 folding and its organization within the single-shelled matrix. The solution of the full-length M1 structure, the identification of critical assembly interfaces, and the development of M1 assembly assays with purified proteins are crucial advances for antiviral targeting of influenza viruses. #1: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020 タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer 著者: Selzer, L. / Su, Z. / Pintilie, G. / Chiu, W. / Kirkegaard, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jm3.cif.gz | 93.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jm3.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jm3_validation.pdf.gz | 869.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jm3_full_validation.pdf.gz | 870.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jm3_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jm3_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 1.96 Å / Rotation per n subunits: 17.1 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27827.152 Da / 分子数: 1 / 変異: V97K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: M1, M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2KIU5, UniProt: P03485*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: M1-V97K oligomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 143 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Influenza A virus matrix protein with V97K mutation assembled in vitro | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 3 seconds once before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78 K / 最低温度: 78 K |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 440 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 17.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.96 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56602 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 200 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1EA3 Accession code: 1EA3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |