PDB-7fji: human Pol III elongation complex

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7fji

タイトル

human Pol III elongation complex

要素

(DNA-directed RNA polymerase III subunit ...) x 10
(DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
(DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*G)-3')
non_template DNA
template

キーワード

TRANSCRIPTION/RNA/DNA / RNA Polymerase III / elongation / pre-termination / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA ...snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nucleobase-containing compound metabolic process / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Viral Messenger RNA Synthesis / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / termination of RNA polymerase III transcription / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / transcription by RNA polymerase I / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / neuropeptide signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of interferon-beta production / mRNA Splicing - Major Pathway / acrosomal vesicle / protein-DNA complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / DNA-directed RNA polymerase / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / nucleic acid binding / nuclear body / protein dimerization activity / protein stabilization / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / nucleotide binding / centrosome / DNA-templated transcription / chromatin binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal ...DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase Rpc34 subunit / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Hou, H. / Xu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into RNA polymerase III-mediated transcription termination through trapping poly-deoxythymidine.
著者: Haifeng Hou / Yan Li / Mo Wang / Aijun Liu / Zishuo Yu / Ke Chen / Dan Zhao / Yanhui Xu /

要旨: Termination of the RNA polymerase III (Pol III)-mediated transcription requires the conversion of an elongation complex (EC) to a pre-termination complex (PTC) on poly-deoxythymidine (dT)-containing ...

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

B: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

D: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

G: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

M: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

N: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

O: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

P: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

Q: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

R: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*G)-3')

X: non_template DNA

Y: template

ヘテロ分子

745 kDa, 20 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

-
DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 10種, 10分子 ABDGIMNOPQ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA ...RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA polymerase III subunit A / RNA polymerase III 155 kDa subunit / RPC155 / RNA polymerase III subunit C160 分子量: 155860.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14802, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase III subunit B 分子量: 127953.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW08, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit C9 / Calcitonin gene-related peptide-receptor component protein / HsC17 分子量: 16893.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRCP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75575
#7: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III ...RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III subunit 22.9 kDa subunit / RPC22.9 分子量: 22938.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3H, KIAA1665, RPC8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y535
#9: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12. ...RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12.5 kDa subunit / RPC12.5 / RNA polymerase III subunit C11 / HsC11p / RPC11 / hRPC11 分子量: 12338.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3K, RPC11, My010 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Y1
#13: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 80 kDa polypeptide 分子量: 80004.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3E, KIAA1452 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVU0
#14: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA ...RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA polymerase III 47 kDa subunit / RPC53 homolog 分子量: 44471.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3D, BN51, BN51T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05423
#15: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 ...RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 kDa subunit / RPC62 分子量: 60692.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUI4
#16: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 ...RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 kDa subunit / RPC39 分子量: 35726.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1D9
#17: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 ...RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 kDa apha subunit / RPC32-alpha / RNA polymerase III 32 kDa subunit / RPC32 分子量: 25953.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR3G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15318

-
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / RPA40 / RPA39 / RPC40 分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR1C, POLR1E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160
#11: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA polymerase I 16 kDa subunit / RPA16 / RPC16 / hRPA19 分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR1D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

#3: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...

分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR1C, POLR1E / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160

#11: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...

分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR1D / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog / XAP4 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388
#6: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2F, POLRF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218
#8: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / RPB8 homolog / hRPB8 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434
#10: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA polymerase II 7.6 kDa subunit / RPB7.6 / RPB10 homolog 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875
#12: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2K / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#18: RNA鎖	RNA (5'-R(CPCPGPGPGPUPGPCPUPG)-3') 分子量: 3208.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#19: DNA鎖	non_template DNA 分子量: 16602.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#20: DNA鎖	template 分子量: 16570.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#21: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	human RNA polymerase III elongation complex	COMPLEX	#1-#20	0	MULTIPLE SOURCES
2	human RNA polymerase III elongation	COMPLEX	#1-#17	1	RECOMBINANT
3	RNA and DNA	COMPLEX	#18-#20	1	SYNTHETIC

分子量

値: 0.7 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 8

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 1.38 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40590 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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