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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eyb | ||||||||||||
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タイトル | core proteins | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / bacteriophage T7 core proteins / VIRUS | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / hydrolase activity / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu, H.R. / Chen, W.Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structural changes in bacteriophage T7 upon receptor-induced genome ejection. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Li Wang / Xurong Wang / Zhixue Tan / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Zhonghua Liu / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / 要旨: Many tailed bacteriophages assemble ejection proteins and a portal-tail complex at a unique vertex of the capsid. The ejection proteins form a transenvelope channel extending the portal-tail channel ...Many tailed bacteriophages assemble ejection proteins and a portal-tail complex at a unique vertex of the capsid. The ejection proteins form a transenvelope channel extending the portal-tail channel for the delivery of genomic DNA in cell infection. Here, we report the structure of the mature bacteriophage T7, including the ejection proteins, as well as the structures of the full and empty T7 particles in complex with their cell receptor lipopolysaccharide. Our near-atomic-resolution reconstruction shows that the ejection proteins in the mature T7 assemble into a core, which comprises a fourfold gene product 16 (gp16) ring, an eightfold gp15 ring, and a putative eightfold gp14 ring. The gp15 and gp16 are mainly composed of helix bundles, and gp16 harbors a lytic transglycosylase domain for degrading the bacterial peptidoglycan layer. When interacting with the lipopolysaccharide, the T7 tail nozzle opens. Six copies of gp14 anchor to the tail nozzle, extending the nozzle across the lipopolysaccharide lipid bilayer. The structures of gp15 and gp16 in the mature T7 suggest that they should undergo remarkable conformational changes to form the transenvelope channel. Hydrophobic α-helices were observed in gp16 but not in gp15, suggesting that gp15 forms the channel in the hydrophilic periplasm and gp16 forms the channel in the cytoplasmic membrane. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eyb.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eyb.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eyb_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eyb_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eyb_validation.xml.gz | 274.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eyb_validation.cif.gz | 413.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20990.842 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P03724 #2: タンパク質 | 分子量: 84454.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P03725 #3: タンパク質 | 分子量: 144028.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) 参照: UniProt: P03726, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia phage T7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74984 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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