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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7efd | ||||||
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タイトル | 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40 e/A^2 total dose) | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / STREPTAVIDIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Kotecha, A. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40e/A^2 total dose) 著者: Hiraizumi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7efd.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7efd.ent.gz | 24.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7efd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7efd_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7efd_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7efd_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7efd_validation.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7efd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7efd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称)) | ||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Streptavidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4053 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153976 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 解像度: 1.77→76.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / WRfactor Rwork: 0.349 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.099 / Average fsc overall: 0.6978 / Average fsc work: 0.6978 / ESU R: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.492 Å2
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拘束条件 |
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