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万見
- PDB-7e27: Structure of PfFNT in complex with MMV007839 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+27
タイトルStructure of PfFNT in complex with MMV007839
要素Formate-nitrite transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lactate transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity secondary active nitrite transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / nitrite transport / lactate:proton symporter activity / vacuolar membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HV6 / Formate-nitrite transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Yan, C.Y. / Jiang, X. / Deng, D. / Peng, X. / Wang, N. / Zhu, A. / Xu, H. / Li, J.
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of the Plasmodium falciparum lactate transporter PfFNT alone and in complex with antimalarial compound MMV007839 reveals its inhibition mechanism.
著者: Xi Peng / Nan Wang / Angqi Zhu / Hanwen Xu / Jialu Li / Yanxia Zhou / Chen Wang / Qingjie Xiao / Li Guo / Fei Liu / Zhi-Jun Jia / Huaichuan Duan / Jianping Hu / Weidan Yuan / Jia Geng / ...著者: Xi Peng / Nan Wang / Angqi Zhu / Hanwen Xu / Jialu Li / Yanxia Zhou / Chen Wang / Qingjie Xiao / Li Guo / Fei Liu / Zhi-Jun Jia / Huaichuan Duan / Jianping Hu / Weidan Yuan / Jia Geng / Chuangye Yan / Xin Jiang / Dong Deng /
要旨: Plasmodium falciparum, the deadliest causal agent of malaria, caused more than half of the 229 million malaria cases worldwide in 2019. The emergence and spreading of frontline drug-resistant ...Plasmodium falciparum, the deadliest causal agent of malaria, caused more than half of the 229 million malaria cases worldwide in 2019. The emergence and spreading of frontline drug-resistant Plasmodium strains are challenging to overcome in the battle against malaria and raise urgent demands for novel antimalarial agents. The P. falciparum formate-nitrite transporter (PfFNT) is a potential drug target due to its housekeeping role in lactate efflux during the intraerythrocytic stage. Targeting PfFNT, MMV007839 was identified as a lead compound that kills parasites at submicromolar concentrations. Here, we present 2 cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) structures of PfFNT, one with the protein in its apo form and one with it in complex with MMV007839, both at 2.3 Å resolution. Benefiting from the high-resolution structures, our study provides the molecular basis for both the lactate transport of PfFNT and the inhibition mechanism of MMV007839, which facilitates further antimalarial drug design.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30953
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate-nitrite transporter
B: Formate-nitrite transporter
C: Formate-nitrite transporter
D: Formate-nitrite transporter
E: Formate-nitrite transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,02210
ポリマ－172,4615
非ポリマー1,5615
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area23370 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area45330 Å2

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要素

#1: タンパク質
Formate-nitrite transporter


分子量: 34492.281 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MMV007839
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0316600
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O77389
#2: 化合物
ChemComp-HV6 / (Z)-4,4,5,5,5-pentakis(fluoranyl)-1-(4-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)-3-oxidanyl-pent-2-en-1-one


分子量: 312.189 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9F5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PfFNT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 291994 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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