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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dod | |||||||||
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タイトル | Capsid structure of human sapovirus | |||||||||
要素 | Calicivirin | |||||||||
キーワード | VIRUS / CAPSID / SAPOVIRUS / CALICIVIRUS / CRYOEM / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-protein covalent cross-linking / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Miyazaki, N. / Murakami, K. / Oka, T. / Iwasaki, K. / Katayama, K. / Murata, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomic structure of human sapovirus capsid by single particle cryo-electron microscopy 著者: Miyazaki, N. / Murakami, K. / Oka, T. / Iwasaki, K. / Katayama, K. / Murata, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dod.cif.gz | 265.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dod.ent.gz | 217.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dod_validation.pdf.gz | 1014.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dod_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dod_validation.xml.gz | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dod_validation.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/7dod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/7dod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60753.645 Da / 分子数: 3 / 断片: VP1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: A0A2Z6DUV0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23434 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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