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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cpy | ||||||
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タイトル | Lovastatin nonaketide synthase with LovC | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / polyketide synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity ...malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / NADPH binding / fatty acid biosynthetic process / methylation / oxidoreductase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus terreus (カビ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Wang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the biosynthesis of lovastatin. 著者: Jialiang Wang / Jingdan Liang / Lu Chen / Wei Zhang / Liangliang Kong / Chao Peng / Chen Su / Yi Tang / Zixin Deng / Zhijun Wang / 要旨: Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), ...Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), with the assistance of a separate trans-acting enoyl reductase (LovC). A full DML synthesis comprises 8 polyketide synthetic cycles with about 35 steps. The assembling of the LovB-LovC complex, and the structural basis for the iterative and yet permutative functions of the megasynthase have remained a mystery. Here, we present the cryo-EM structures of the LovB-LovC complex at 3.60 Å and the core LovB at 2.91 Å resolution. The domain organization of LovB is an X-shaped face-to-face dimer containing eight connected domains. The binding of LovC laterally to the malonyl-acetyl transferase domain allows the completion of a L-shaped catalytic chamber consisting of six active domains. This architecture and the structural details of the megasynthase provide the basis for the processing of the intermediates by the individual catalytic domains. The detailed architectural model provides structural insights that may enable the re-engineering of the megasynthase for the generation of new statins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cpy.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cpy.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cpy_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cpy_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cpy_validation.xml.gz | 143 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cpy_validation.cif.gz | 215.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40622.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7D0, lovastatin nonaketide synthase #2: タンパク質 | 分子量: 336446.656 Da / 分子数: 2 / Mutation: G1884Q, Q1885A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovB / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9Y8A5, lovastatin nonaketide synthase #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 750 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was homogeneous | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83573 / 対称性のタイプ: POINT |