PDB-7cmi: The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cmi

タイトル

The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine

要素

4F2 cell-surface antigen heavy chain
Large neutral amino acids transporter small subunit 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / amino acid transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Yan, R.H. / Zhou, J.Y. / Li, Y.N. / Lei, J.L. / Zhou, Q.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, China)	31971123	中国
National Science Foundation (NSF, China)	81920108015	中国
National Science Foundation (NSF, China)	31930059	中国
National Science Foundation (NSF, China)	31800139	中国

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of the human LAT2-4F2hc complex.
著者: Renhong Yan / Jiayao Zhou / Yaning Li / Jianlin Lei / Qiang Zhou /

履歴

登録	2020年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30407 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cmi.cif.gz	176.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cmi.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cmi_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cmi_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7cmi_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	7cmi_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30407MC 30406C 7cmhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6irt-d 7cmh-d 5zru-d 6urf-2 30407 6w29-1 6et3-d 5dxf-d 6cwd-2 2aw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (2)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (3)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (3)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

B: Large neutral amino acids transporter small subunit 2

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / Solute carrier family 3 (Activators of dibasic and neutral amino acid transport) / member 2 ...4F2hc / Solute carrier family 3 (Activators of dibasic and neutral amino acid transport) / member 2 / isoform CRA_a 分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, hCG_2016598 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: J3KPF3
#2: タンパク質	Large neutral amino acids transporter small subunit 2 / L-type amino acid transporter 2 / hLAT2 / Solute carrier family 7 member 8 分子量: 60560.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A8, LAT2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHI5

#1: タンパク質

4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / Solute carrier family 3 (Activators of dibasic and neutral amino acid transport) / member 2 ...

分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, hCG_2016598 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: J3KPF3

#2: タンパク質

Large neutral amino acids transporter small subunit 2 / L-type amino acid transporter 2 / hLAT2 / Solute carrier family 7 member 8

分子量: 60560.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A8, LAT2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHI5

-
糖 , 1種, 4分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₇O₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置	位相板: OTHER / 球面収差補正装置: 2.7

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 751924 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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