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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7clr | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of S.typhimurium flagellar LP ring | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / FlgH / FlgI / LP ring / Bushing / Salmonella / Flagellar motor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamaguchi, T. / Makino, F. / Miyata, T. / Minamino, T. / Kato, T. / Namba, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of the molecular bushing of the bacterial flagellar motor. 著者: Tomoko Yamaguchi / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Tohru Minamino / Takayuki Kato / Keiichi Namba / 要旨: The basal body of the bacterial flagellum is a rotary motor that consists of several rings (C, MS and LP) and a rod. The LP ring acts as a bushing supporting the distal rod for its rapid and stable ...The basal body of the bacterial flagellum is a rotary motor that consists of several rings (C, MS and LP) and a rod. The LP ring acts as a bushing supporting the distal rod for its rapid and stable rotation without much friction. Here, we use electron cryomicroscopy to describe the LP ring structure around the rod, at 3.5 Å resolution, from Salmonella Typhimurium. The structure shows 26-fold rotational symmetry and intricate intersubunit interactions of each subunit with up to six partners, which explains the structural stability. The inner surface is charged both positively and negatively. Positive charges on the P ring (the part of the LP ring that is embedded within the peptidoglycan layer) presumably play important roles in its initial assembly around the rod with a negatively charged surface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7clr.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7clr.ent.gz | 1.8 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7clr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38194.176 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SJW2177 由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J5J5 #2: タンパク質 | 分子量: 24726.666 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SJW2177 由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0J5DWE9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LP ring / タイプ: COMPLEX / 詳細: Bushing of flagellar motor / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: HK1002 | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
EM embedding | Material: buffer | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 200 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 40000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 275 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 8230 nm / Cs: 1.4 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 12759 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 64418 詳細: particles were picked up by YOLOPick.py (in-house python program) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C26 (26回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10802 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 38 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL |