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- PDB-7ckb: Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ckb
タイトルSimplified Alpha-Carboxysome, T=3
要素
  • Major carboxysome shell protein 1A
  • Unidentified carboxysome polypeptide
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Bacterial Microcompartment / Alpha-carboxysome
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell vertex protein CsoS4A / Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome / Bacterial microcompartment vertex (BMV) domain profile. / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. ...Carboxysome shell vertex protein CsoS4A / Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome / Bacterial microcompartment vertex (BMV) domain profile. / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell vertex protein CsoS4A / Major carboxysome shell protein CsoS1A
類似検索 - 構成要素
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Tan, Y.Q. / Ali, S. / Xue, B. / Robinson, R.C. / Narita, A. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2021
タイトル: Structure of a Minimal α-Carboxysome-Derived Shell and Its Utility in Enzyme Stabilization.
著者: Yong Quan Tan / Samson Ali / Bo Xue / Wei Zhe Teo / Lay Hiang Ling / Maybelle Kho Go / Hong Lv / Robert C Robinson / Akihiro Narita / Wen Shan Yew /
要旨: Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged ...Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged bioengineering efforts. Here, we construct minimal shells derived from the α-carboxysome, which we term Cso-shell. Using cryogenic electron microscopy, the atomic-level structures of two shell forms were obtained, reinforcing notions of evolutionarily conserved features in bacterial microcompartment shell architecture. Encapsulation peptide sequences that facilitate loading of heterologous protein cargo within the shells were identified. We further provide a first demonstration in utilizing minimal bacterial microcompartment-derived shells for hosting heterologous enzymes. Cso-shells were found to stabilize enzymatic activities against heat shock, presence of methanol co-solvent, consecutive freeze-thawing, and alkaline environments. This study yields insights into α-carboxysome assembly and advances the utility of synthetic bacterial microcompartments as nanoreactors capable of stabilizing enzymes with varied properties and reaction chemistries.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30384
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30384
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Unidentified carboxysome polypeptide
BA: Major carboxysome shell protein 1A
CA: Major carboxysome shell protein 1A
AB: Unidentified carboxysome polypeptide
BB: Major carboxysome shell protein 1A
CB: Major carboxysome shell protein 1A
AC: Unidentified carboxysome polypeptide
BC: Major carboxysome shell protein 1A
CC: Major carboxysome shell protein 1A
AD: Unidentified carboxysome polypeptide
BD: Major carboxysome shell protein 1A
CD: Major carboxysome shell protein 1A
AE: Unidentified carboxysome polypeptide
BE: Major carboxysome shell protein 1A
CE: Major carboxysome shell protein 1A
AF: Unidentified carboxysome polypeptide
BF: Major carboxysome shell protein 1A
CF: Major carboxysome shell protein 1A
AG: Unidentified carboxysome polypeptide
BG: Major carboxysome shell protein 1A
CG: Major carboxysome shell protein 1A
AH: Unidentified carboxysome polypeptide
BH: Major carboxysome shell protein 1A
CH: Major carboxysome shell protein 1A
AI: Unidentified carboxysome polypeptide
BI: Major carboxysome shell protein 1A
CI: Major carboxysome shell protein 1A
AJ: Unidentified carboxysome polypeptide
BJ: Major carboxysome shell protein 1A
CJ: Major carboxysome shell protein 1A
AK: Unidentified carboxysome polypeptide
BK: Major carboxysome shell protein 1A
CK: Major carboxysome shell protein 1A
AL: Unidentified carboxysome polypeptide
BL: Major carboxysome shell protein 1A
CL: Major carboxysome shell protein 1A
AM: Unidentified carboxysome polypeptide
BM: Major carboxysome shell protein 1A
CM: Major carboxysome shell protein 1A
AN: Unidentified carboxysome polypeptide
BN: Major carboxysome shell protein 1A
CN: Major carboxysome shell protein 1A
AO: Unidentified carboxysome polypeptide
BO: Major carboxysome shell protein 1A
CO: Major carboxysome shell protein 1A
AP: Unidentified carboxysome polypeptide
BP: Major carboxysome shell protein 1A
CP: Major carboxysome shell protein 1A
AQ: Unidentified carboxysome polypeptide
BQ: Major carboxysome shell protein 1A
CQ: Major carboxysome shell protein 1A
AR: Unidentified carboxysome polypeptide
BR: Major carboxysome shell protein 1A
CR: Major carboxysome shell protein 1A
AS: Unidentified carboxysome polypeptide
BS: Major carboxysome shell protein 1A
CS: Major carboxysome shell protein 1A
AT: Unidentified carboxysome polypeptide
BT: Major carboxysome shell protein 1A
CT: Major carboxysome shell protein 1A
AV: Unidentified carboxysome polypeptide
BV: Major carboxysome shell protein 1A
CV: Major carboxysome shell protein 1A
AW: Unidentified carboxysome polypeptide
BW: Major carboxysome shell protein 1A
CW: Major carboxysome shell protein 1A
AX: Unidentified carboxysome polypeptide
BX: Major carboxysome shell protein 1A
CX: Major carboxysome shell protein 1A
AY: Unidentified carboxysome polypeptide
BY: Major carboxysome shell protein 1A
CY: Major carboxysome shell protein 1A
AZ: Unidentified carboxysome polypeptide
BZ: Major carboxysome shell protein 1A
CZ: Major carboxysome shell protein 1A
Aa: Unidentified carboxysome polypeptide
Ba: Major carboxysome shell protein 1A
Ca: Major carboxysome shell protein 1A
Ab: Unidentified carboxysome polypeptide
Bb: Major carboxysome shell protein 1A
Cb: Major carboxysome shell protein 1A
Ac: Unidentified carboxysome polypeptide
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Cc: Major carboxysome shell protein 1A
Ad: Unidentified carboxysome polypeptide
Bd: Major carboxysome shell protein 1A
Cd: Major carboxysome shell protein 1A
Ae: Unidentified carboxysome polypeptide
Be: Major carboxysome shell protein 1A
Ce: Major carboxysome shell protein 1A
Af: Unidentified carboxysome polypeptide
Bf: Major carboxysome shell protein 1A
Cf: Major carboxysome shell protein 1A
Ag: Unidentified carboxysome polypeptide
Bg: Major carboxysome shell protein 1A
Cg: Major carboxysome shell protein 1A
Ah: Unidentified carboxysome polypeptide
Bh: Major carboxysome shell protein 1A
Ch: Major carboxysome shell protein 1A
Ai: Unidentified carboxysome polypeptide
Bi: Major carboxysome shell protein 1A
Ci: Major carboxysome shell protein 1A
Aj: Unidentified carboxysome polypeptide
Bj: Major carboxysome shell protein 1A
Cj: Major carboxysome shell protein 1A
Ak: Unidentified carboxysome polypeptide
Bk: Major carboxysome shell protein 1A
Ck: Major carboxysome shell protein 1A
Al: Unidentified carboxysome polypeptide
Bl: Major carboxysome shell protein 1A
Cl: Major carboxysome shell protein 1A
Am: Unidentified carboxysome polypeptide
Bm: Major carboxysome shell protein 1A
Cm: Major carboxysome shell protein 1A
An: Unidentified carboxysome polypeptide
Bn: Major carboxysome shell protein 1A
Cn: Major carboxysome shell protein 1A
Ao: Unidentified carboxysome polypeptide
Bo: Major carboxysome shell protein 1A
Co: Major carboxysome shell protein 1A
Ap: Unidentified carboxysome polypeptide
Bp: Major carboxysome shell protein 1A
Cp: Major carboxysome shell protein 1A
Aq: Unidentified carboxysome polypeptide
Bq: Major carboxysome shell protein 1A
Cq: Major carboxysome shell protein 1A
Ar: Unidentified carboxysome polypeptide
Br: Major carboxysome shell protein 1A
Cr: Major carboxysome shell protein 1A
As: Unidentified carboxysome polypeptide
Bs: Major carboxysome shell protein 1A
Cs: Major carboxysome shell protein 1A
At: Unidentified carboxysome polypeptide
Bt: Major carboxysome shell protein 1A
Ct: Major carboxysome shell protein 1A
Av: Unidentified carboxysome polypeptide
Bv: Major carboxysome shell protein 1A
Cv: Major carboxysome shell protein 1A
Aw: Unidentified carboxysome polypeptide
Bw: Major carboxysome shell protein 1A
Cw: Major carboxysome shell protein 1A
Ax: Unidentified carboxysome polypeptide
Bx: Major carboxysome shell protein 1A
Cx: Major carboxysome shell protein 1A
Ay: Unidentified carboxysome polypeptide
By: Major carboxysome shell protein 1A
Cy: Major carboxysome shell protein 1A
Az: Unidentified carboxysome polypeptide
Bz: Major carboxysome shell protein 1A
Cz: Major carboxysome shell protein 1A
A0: Unidentified carboxysome polypeptide
B0: Major carboxysome shell protein 1A
C0: Major carboxysome shell protein 1A
A1: Unidentified carboxysome polypeptide
B1: Major carboxysome shell protein 1A
C1: Major carboxysome shell protein 1A
A2: Unidentified carboxysome polypeptide
B2: Major carboxysome shell protein 1A
C2: Major carboxysome shell protein 1A
A3: Unidentified carboxysome polypeptide
B3: Major carboxysome shell protein 1A
C3: Major carboxysome shell protein 1A
A4: Unidentified carboxysome polypeptide
B4: Major carboxysome shell protein 1A
C4: Major carboxysome shell protein 1A
A5: Unidentified carboxysome polypeptide
B5: Major carboxysome shell protein 1A
C5: Major carboxysome shell protein 1A
A6: Unidentified carboxysome polypeptide
B6: Major carboxysome shell protein 1A
C6: Major carboxysome shell protein 1A
A7: Unidentified carboxysome polypeptide
B7: Major carboxysome shell protein 1A
C7: Major carboxysome shell protein 1A
A8: Unidentified carboxysome polypeptide
B8: Major carboxysome shell protein 1A
C8: Major carboxysome shell protein 1A
A9: Unidentified carboxysome polypeptide
B9: Major carboxysome shell protein 1A
C9: Major carboxysome shell protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,807,236180
ポリマ－1,807,236180
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Unidentified carboxysome polypeptide / CsoS4A


分子量: 10173.640 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85043
#2: タンパク質 ...
Major carboxysome shell protein 1A / CsoS1A


分子量: 9973.478 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2) (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: csoS1A, Hneap_0915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45689

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 1.0 - 2.5 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 64.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.0.7粒子像選択Particles were extracted in RELION
4CTFFIND4.1CTF補正CTFFIND incorporated into RELION was used
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
11RELION3.0.7分類Particles were selected from 2D classification in RELION
12RELION3.0.7３次元再構成RELION was used throughout
13PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 94129
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11468 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12RCF

2rcf

12RCF1PDBexperimental model
22EWH

2ewh

12EWH2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 10.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0076116340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8598157860
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.049318900
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005120580
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.799517040

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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