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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7arb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (complete composition) | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Complex-I | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole ...anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to osmotic stress / plastid / respiratory chain complex I / cobalt ion binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / protein homotrimerization / ubiquinone binding / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / electron transport coupled proton transport / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / : / ATP synthesis coupled electron transport / response to salt stress / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / chloroplast / mitochondrial membrane / carbonate dehydratase activity / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / transmembrane transport / fatty acid biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / peroxisome / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / copper ion binding / nucleolus / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||
データ登録者 | Klusch, N. / Kuelbrandt, W. / Yildiz, O. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021 タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I. 著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun / 要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7arb.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7arb.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7arb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7arb_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7arb_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7arb_validation.xml.gz | 192.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7arb_validation.cif.gz | 295.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/7arb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/7arb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11878MC 7aqqC 7aqrC 7aqwC 7ar7C 7ar8C 7ar9C 7arcC 7ardC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 AHJLMN
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCGIQRe
+NADH dehydrogenase subunit ... , 2種, 2分子 DK
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 EF
+タンパク質 , 11種, 11分子 Obcdfgimrvx
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 PSWXZa
+Acyl carrier protein ... , 2種, 2分子 TU
+Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 2種, 2分子 Vq
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 jklnop
+タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 u
+Gamma carbonic anhydrase ... , 2種, 2分子 yz
+非ポリマー , 14種, 25分子
+詳細
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (complete composition) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#47 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459177 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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