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- PDB-7ar8: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (closed confo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ar8
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (closed conformation)
要素
  • (Acyl carrier protein ...) x 2
  • (Gamma carbonic anhydrase ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH dehydrogenase subunit ...) x 2
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • (Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 2
  • AT3G07480.1
  • At2g46540/F11C10.23
  • At4g16450
  • B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4
  • ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
  • Excitatory amino acid transporter
  • Furry
  • Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
  • P1
  • Transmembrane protein
  • Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
  • unknown
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex-I Arabidopsis
機能・相同性
機能・相同性情報


anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / P450-containing electron transport chain / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / NADH dehydrogenase complex / response to abscisic acid / plant-type vacuole ...anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / P450-containing electron transport chain / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / NADH dehydrogenase complex / response to abscisic acid / plant-type vacuole / cobalt ion binding / response to osmotic stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / plastid / protein homotrimerization / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / response to salt stress / proton transmembrane transport / chloroplast / respiratory electron transport chain / carbonate dehydratase activity / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / copper ion binding / nucleolus / mitochondrion / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / Helix Hairpins - #3510 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Q1 / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PC7 / Chem-PGT / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / IRON/SULFUR CLUSTER ...Chem-8Q1 / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PC7 / Chem-PGT / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / Ubiquinone-9 / (thale cress) hypothetical protein / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Excitatory amino acid transporter / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Furry / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / At2g46540/F11C10.23 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Klusch, N. / Kuelbrandt, W. / Yildiz, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11876
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
D: NADH dehydrogenase subunit 7
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH dehydrogenase subunit 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: AT3G07480.1
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
T: Acyl carrier protein 1, mitochondrial
U: Acyl carrier protein 2, mitochondrial
V: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: At2g46540/F11C10.23
c: Transmembrane protein
d: Excitatory amino acid transporter
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
f: At4g16450
g: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
i: P1
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
m: B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
q: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
r: Furry
u: unknown
v: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
x: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
y: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial
z: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,046,78072
ポリマ－1,034,22647
非ポリマー12,55425
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 AHJLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13941.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92533, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 36020.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B5TM92, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 23690.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A2P2CLG1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 74497.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B5TM94, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 55995.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B5TM93, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 55486.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O05000, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCGIQRe

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 24071.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42577, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 22910.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1467


分子量: 81619.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FGI6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial


分子量: 25536.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42599, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Protein FROSTBITE1


分子量: 17160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FJW4
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 12251.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M6
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B


分子量: 9914.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LZI6

+
NADH dehydrogenase subunit ... , 2種, 2分子 DK

#4: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 45036.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A2P2CLH2
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 11165.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A2P2CLH7

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 28423.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22769, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 53522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FNN5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 11種, 11分子 Obcdfgimrvx

#15: タンパク質 AT3G07480.1


分子量: 17626.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A384LA38
#27: タンパク質 At2g46540/F11C10.23 / Expressed protein / F11C10.23/F11C10.23 / Fiber


分子量: 6810.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZPY5
#28: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 9876.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZT9
#29: タンパク質 Excitatory amino acid transporter


分子量: 9220.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94AL6
#31: タンパク質 At4g16450 / NADH-ubiquinone oxidoreductase


分子量: 11355.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q84W12
#32: タンパク質 ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein


分子量: 12648.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SLC8
#33: タンパク質 P1


分子量: 11808.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178W1I8
#37: タンパク質 B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 8305.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178VZI4
#42: タンパク質 Furry


分子量: 15060.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SD78
#44: タンパク質 Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial


分子量: 11965.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZUX4
#45: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / GAMMA CAL2


分子量: 27985.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SMN1

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 PSWXZa

#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 43988.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SK66
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 10865.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FIJ2
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 15102.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LHI0
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B


分子量: 11985.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LGE7
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 4


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RWA7
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 7349.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C9Z5

+
Acyl carrier protein ... , 2種, 2分子 TU

#20: タンパク質 Acyl carrier protein 1, mitochondrial / MtACP-1 / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 13735.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P53665
#21: タンパク質 Acyl carrier protein 2, mitochondrial / MtACP-2 / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 14183.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O80800

+
Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 2種, 2分子 Vq

#22: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 19201.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLX7
#41: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18346.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M9

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 jklnop

#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2


分子量: 7582.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LDK3
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A


分子量: 8064.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O64725
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 13225.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FGK0
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / B22 subunit of eukaryotic mitochondrial complex I / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone ...B22 subunit of eukaryotic mitochondrial complex I / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 13638.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q945M1
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 11757.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SKC9
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B


分子量: 12462.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94C12

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 u

#43: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
Gamma carbonic anhydrase ... , 2種, 2分子 yz

#46: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / GAMMA CA2 / Transcription factor APFI


分子量: 30102.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C6B3, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#47: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / GAMMA CA1


分子量: 30010.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FWR5, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

+
非ポリマー , 14種, 25分子

#48: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#49: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#50: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#51: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4
#52: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#53: 化合物 ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC


分子量: 763.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#54: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#55: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#56: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#58: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS
#59: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
#60: 化合物 ChemComp-PSF / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLSERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン


分子量: 455.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34NO10P
#61: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (closed conformation)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#47 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42096 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00362977
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60685278
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0938696
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0439459
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00410736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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