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- PDB-7ak5: Cryo-EM structure of respiratory complex I in the deactive state ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ak5

タイトル

Cryo-EM structure of respiratory complex I in the deactive state from Mus musculus at 3.2 A

要素

(NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 11
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
(NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
Acyl carrier protein, mitochondrial
MCG5603
NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / deactive complex I

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / reproductive system development / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching ...Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / reproductive system development / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / circulatory system development / respiratory system process / psychomotor behavior / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / response to light intensity / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / : / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to glucocorticoid stimulus / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / adult walking behavior / positive regulation of mitochondrial membrane potential / response to hydroperoxide / : / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of ATP biosynthetic process / adult behavior / dopamine metabolic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex I / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / neuron development / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to interferon-beta / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / cellular response to retinoic acid / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / muscle contraction / extrinsic apoptotic signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / tricarboxylic acid cycle / Neutrophil degranulation / aerobic respiration / visual perception / response to hormone / neurogenesis / respiratory electron transport chain / cerebellum development / reactive oxygen species metabolic process / kidney development / regulation of mitochondrial membrane potential / response to cocaine / synaptic membrane / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / response to nicotine / mitochondrial membrane / sensory perception of sound / electron transport chain / brain development / regulation of protein phosphorylation / response to hydrogen peroxide / negative regulation of cell growth / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / mitochondrial intermembrane space / cognition / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / FMN binding / myelin sheath / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protease binding / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / response to ethanol / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能

NmrA-like domain / NmrA-like family / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) ...NmrA-like domain / NmrA-like family / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / SLBB domain / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性

1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
類似検索 - 構成要素

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å

データ登録者

Yin, Z. / Bridges, H.R. / Grba, D. / Hirst, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for a complex I mutation that blocks pathological ROS production.
著者: Zhan Yin / Nils Burger / Duvaraka Kula-Alwar / Dunja Aksentijević / Hannah R Bridges / Hiran A Prag / Daniel N Grba / Carlo Viscomi / Andrew M James / Amin Mottahedin / Thomas Krieg / ...
要旨: Mitochondrial complex I is central to the pathological reactive oxygen species (ROS) production that underlies cardiac ischemia-reperfusion (IR) injury. ND6-P25L mice are homoplasmic for a disease- ...

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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関連構造データ

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リンク

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プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (8)

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集合体

登録構造単位

A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial

P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial

Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

T: Acyl carrier protein, mitochondrial

U: Acyl carrier protein, mitochondrial

V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

Y: MCG5603

Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial

d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial

h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial

i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial

k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial

m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

r: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

ヘテロ分子

1.06 MDa, 45 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

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要素

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3 分子量: 13251.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03899, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1 分子量: 36105.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6 分子量: 18656.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03925, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L 分子量: 10637.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03903, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5 分子量: 68547.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03921, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4 分子量: 51943.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03911, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2 分子量: 38800.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: P03893, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCDIQRe

#2: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit 分子量: 24715.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit 分子量: 30191.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit 分子量: 52720.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit 分子量: 24068.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit 分子量: 19814.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CXZ1
#18: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit 分子量: 12765.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P52503
#30: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit 分子量: 12675.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q99LY9

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 EFs

#5: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit 分子量: 27077.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit 分子量: 50904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit 分子量: 11833.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q8BK30

-
タンパク質 , 3種, 4分子 GTUY

#7: タンパク質	NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD 分子量: 78652.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart 参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#20: タンパク質	Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit 分子量: 17390.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CR21
#24: タンパク質	MCG5603 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 分子量: 15130.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: G5E814

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 OPSVWXZabqr

#15: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit 分子量: 40657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q99LC3
#16: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit 分子量: 42588.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DC69
#19: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit 分子量: 10932.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ75
#21: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit 分子量: 13380.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CPP6
#22: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit 分子量: 15311.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQZ5
#23: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit 分子量: 20025.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DCJ5
#25: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit 分子量: 16881.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9ERS2
#26: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit 分子量: 7921.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: O35683
#27: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit 分子量: 9249.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ91
#42: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex I-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2 分子量: 17112.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q7TMF3
#43: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a 分子量: 12506.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9Z1P6

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 cd

#28: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit 分子量: 8636.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQY9
#29: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b 分子量: 14185.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ54

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 fghijklmnop

#31: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit 分子量: 6965.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P0DN34
#32: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / p15.6 分子量: 17463.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: O09111
#33: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit 分子量: 21742.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQH3
#34: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit 分子量: 15450.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q3UIU2
#35: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit 分子量: 11982.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CPU2
#36: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit 分子量: 11714.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQZ6
#37: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit 分子量: 21903.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9D6J5
#38: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit 分子量: 15105.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQC7
#39: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit 分子量: 22020.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQJ8
#40: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit 分子量: 16360.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CR61
#41: タンパク質	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit 分子量: 21054.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DCS9

-
非ポリマー , 10種, 28分子

#45: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#46: 化合物	ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₈₈NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#47: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#48: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#49: 化合物	ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE 分子量: 748.065 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#50: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM
#51: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#52: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#53: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物	ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate 分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉N₂O₉PS

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Mouse mitochondrial complex I / タイプ: COMPLEX / 詳細: complex I in the deactive state / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量	値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6J / 器官: heart / Organelle: Mitochondrion
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 8-16s blotting

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
4	RELION	3.1	CTF補正
5	Gctf	1.18	CTF補正
8	ISOLDE		モデルフィッティング
9	Coot	0.9-pre	モデルフィッティング
10	UCSF Chimera		モデルフィッティング
12	PHENIX	1.15-3549	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50184 / 対称性のタイプ: POINT

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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