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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ad3 | |||||||||
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タイトル | Class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Fungal GPCR / Dimer / Complex / Class D / Active State | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mating projection / : / : / : / protein localization to mating projection tip / PLC beta mediated events / G-protein activation / Acetylcholine regulates insulin secretion / G alpha (q) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 ...mating projection / : / : / : / protein localization to mating projection tip / PLC beta mediated events / G-protein activation / Acetylcholine regulates insulin secretion / G alpha (q) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / G-protein beta/gamma-subunit complex / G alpha (12/13) signalling events / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / mating pheromone activity / mating-type factor pheromone receptor activity / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / mating / G protein-coupled receptor homodimeric complex / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / G-protein gamma-subunit binding / establishment of protein localization to plasma membrane / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / pheromone binding / cupric ion binding / G-protein alpha-subunit binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / cell periphery / G protein-coupled receptor binding / small GTPase binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / scaffold protein binding / endosome membrane / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / signal transduction / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Velazhahan, V. / Tate, C. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure of the class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins. 著者: Vaithish Velazhahan / Ning Ma / Gáspár Pándy-Szekeres / Albert J Kooistra / Yang Lee / David E Gloriam / Nagarajan Vaidehi / Christopher G Tate / 要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are divided phylogenetically into six classes, denoted A to F. More than 370 structures of vertebrate GPCRs (belonging to classes A, B, C and F) have been ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are divided phylogenetically into six classes, denoted A to F. More than 370 structures of vertebrate GPCRs (belonging to classes A, B, C and F) have been determined, leading to a substantial understanding of their function. By contrast, there are no structures of class D GPCRs, which are found exclusively in fungi where they regulate survival and reproduction. Here we determine the structure of a class D GPCR, the Saccharomyces cerevisiae pheromone receptor Ste2, in an active state coupled to the heterotrimeric G protein Gpa1-Ste4-Ste18. Ste2 was purified as a homodimer coupled to two G proteins. The dimer interface of Ste2 is formed by the N terminus, the transmembrane helices H1, H2 and H7, and the first extracellular loop ECL1. We establish a class D1 generic residue numbering system (CD1) to enable comparisons with orthologues and with other GPCR classes. The structure of Ste2 bears similarities in overall topology to class A GPCRs, but the transmembrane helix H4 is shifted by more than 20 Å and the G-protein-binding site is a shallow groove rather than a cleft. The structure provides a template for the design of novel drugs to target fungal GPCRs, which could be used to treat numerous intractable fungal diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ad3.cif.gz | 227.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ad3.ent.gz | 181.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ad3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ad3_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ad3_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ad3_validation.xml.gz | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ad3_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7ad3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7ad3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11720MC 7qa8C 7qb9C 7qbcC 7qbiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10550 (タイトル: Structure of the class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins Data size: 6.4 TB / Data #1: LMB Krios1 Movies [micrographs - multiframe] / Data #2: LMB Krios2 Movies [micrographs - multiframe] / Data #3: eBic Krios1 Movies [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 BAF
#1: タンパク質 | 分子量: 47885.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0CI39 #3: タンパク質 | | 分子量: 46626.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STE4, GI526_G0005548 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5Q727, UniProt: P18851*PLUS |
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-Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 3分子 EHG
#4: タンパク質 | 分子量: 26316.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GPA1, CDC70, DAC1, SCG1, YHR005C 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P08539 #5: タンパク質 | | 分子量: 12477.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STE18, GI526_G0003318, PACBIOSEQ_LOCUS2168, PACBIOSEQ_LOCUS3627, PACBIOSEQ_LOCUS3692, PACBIOSEQ_LOCUS3742, PACBIOSEQ_LOCUS3767 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5PT44, UniProt: P18852*PLUS |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 10分子 KI
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1685.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01149*PLUS #6: 糖 | #7: 化合物 | ChemComp-Y01 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.2667 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: Solutions were made fresh and filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was purified as a monodisperse complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||
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EM imaging | 加速電圧: 300 kV / 最大 デフォーカス(補正後): 2700 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI TITAN KRIOS / モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K / 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / Specimen-ID: 1
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撮影 |
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電子光学装置 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 |
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CTF補正 |
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粒子像の選択 |
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対称性 |
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3次元再構成 | Entry-ID: 7AD3 / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT
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原子モデル構築 | B value: 112 / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Manual building was performed in Coot iterated with real space refinement in PHENIX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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