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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a2i | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of W107R KatG from M. tuberculosis | ||||||
![]() | Catalase-peroxidase | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Heme / Peroxidase-Catalase | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity ...oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to hydrogen peroxide / response to oxidative stress / response to antibiotic / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Blundell, T.L. / Chaplin, A.K. / Munir, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Using cryo-EM to understand antimycobacterial resistance in the catalase-peroxidase (KatG) from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Asma Munir / Michael T Wilson / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Jonathan A R Worrall / Tom L Blundell / Amanda K Chaplin / ![]() 要旨: Resolution advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) now offer the possibility to visualize structural effects of naturally occurring resistance mutations in proteins and also of understanding ...Resolution advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) now offer the possibility to visualize structural effects of naturally occurring resistance mutations in proteins and also of understanding the binding mechanisms of small drug molecules. In Mycobacterium tuberculosis the multifunctional heme enzyme KatG is indispensable for activation of isoniazid (INH), a first-line pro-drug for treatment of tuberculosis. We present a cryo-EM methodology for structural and functional characterization of KatG and INH resistance variants. The cryo-EM structure of the 161 kDa KatG dimer in the presence of INH is reported to 2.7 Å resolution allowing the observation of potential INH binding sites. In addition, cryo-EM structures of two INH resistance variants, identified from clinical isolates, W107R and T275P, are reported. In combination with electronic absorbance spectroscopy our cryo-EM approach reveals how these resistance variants cause disorder in the heme environment preventing heme uptake and retention, providing insight into INH resistance. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 217.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80658.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: katG, ERS007661_00994, ERS013471_02729, ERS024276_01596, ERS075361_01376, ERS094182_01139, F6W99_00474, FRD82_12135 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D5ZBI4, UniProt: P9WIE5*PLUS, catalase-peroxidase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of W107R KatG from M. tuberculosis タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 161.1 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 51.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 76067 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3958: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50043 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2CCA Accession code: 2CCA / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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