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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zyl | ||||||
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タイトル | Avidin + Biotin-Tempo | ||||||
要素 | Avidin | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Avidin / Biotin / TEMPO free radical | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Milani, J. / Myasnikov, A. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Ansermet, J.P. / Saenz, F. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Avidin + Biotin-Tempo 著者: Milani, J. / Myasnikov, A. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Ansermet, J.P. / Saenz, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zyl.cif.gz | 110.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zyl.ent.gz | 87.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zyl_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zyl_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zyl_validation.xml.gz | 40.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zyl_validation.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15026MC 7zn1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16787.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-KFL / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Avidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 10 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 270000 X / 倍率(補正後): 311110 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 86 K / Residual tilt: 0.1 mradians |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1421399 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 623000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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