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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zwt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human BCL6 BTB domain in complex with compound 14 | ||||||
![]() | B-cell lymphoma 6 protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Inhibitor / Cancer | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gunnell, E.A. / Le Bihan, Y.-V. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovering cell-active BCL6 inhibitors: effectively combining biochemical HTS with multiple biophysical techniques, X-ray crystallography and cell-based assays. 著者: Pierrat, O.A. / Liu, M. / Collie, G.W. / Shetty, K. / Rodrigues, M.J. / Le Bihan, Y.V. / Gunnell, E.A. / McAndrew, P.C. / Stubbs, M. / Rowlands, M.G. / Yahya, N. / Shehu, E. / Talbot, R. / ...著者: Pierrat, O.A. / Liu, M. / Collie, G.W. / Shetty, K. / Rodrigues, M.J. / Le Bihan, Y.V. / Gunnell, E.A. / McAndrew, P.C. / Stubbs, M. / Rowlands, M.G. / Yahya, N. / Shehu, E. / Talbot, R. / Pickard, L. / Bellenie, B.R. / Cheung, K.J. / Drouin, L. / Innocenti, P. / Woodward, H. / Davis, O.A. / Lloyd, M.G. / Varela, A. / Huckvale, R. / Broccatelli, F. / Carter, M. / Galiwango, D. / Hayes, A. / Raynaud, F.I. / Bryant, C. / Whittaker, S. / Rossanese, O.W. / Hoelder, S. / Burke, R. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 860.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 861 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zwnC ![]() 7zwoC ![]() 7zwpC ![]() 7zwqC ![]() 7zwrC ![]() 7zwsC ![]() 7zwuC ![]() 7zwvC ![]() 7zwwC ![]() 7zwxC ![]() 7zwyC ![]() 7zwzC ![]() 3bimS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16498.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 103分子 ![](data/chem/img/K5U.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-K5U / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 microliter of BCL6-BTB at 10 mg/mL plus 1.5 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Tris pH 7.5 and 0.80 M Na/K Tartrate, against 300 microliter of crystallisation solution. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.94→55.22 Å / Num. obs: 16240 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 34.26 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 136796 / Scaling rejects: 22 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BIM 解像度: 1.94→17.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
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原子変位パラメータ | Biso max: 112.95 Å2 / Biso mean: 40.18 Å2 / Biso min: 18.99 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.94→17.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 38
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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