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- PDB-7zwl: Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zwl
タイトルCrystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,2'dAMP)
要素
  • Stimulator of interferon protein
  • Ubiquitin-like protein SMT3
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / sting / antiviral / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of type I interferon production / autophagosome membrane / protein sumoylation / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / monoatomic ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / nucleotide binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K43 / Stimulator of interferon genes protein / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Klima, M. / Smola, M. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,2'dAMP)
著者: Klima, M. / Smola, M. / Boura, E.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon protein
B: Stimulator of interferon protein
C: Ubiquitin-like protein SMT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2414
ポリマ－57,5833
非ポリマー6581
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.969, 92.969, 203.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

HOH

21A-584-

HOH

31B-471-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon protein


分子量: 23189.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3


分子量: 11204.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306
#3: 化合物 ChemComp-K43 / 9-[(1~{R},6~{R},8~{R},9~{S},10~{R},15~{R},17~{R},18~{S})-17-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,11,13-tetraoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.3.0.0^{6,10}]octadecan-8-yl]purin-6-amine / 3',3'-c-di-(2'F,2'dAMP)


分子量: 658.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26F2N10O8P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15.96 Å / Num. obs: 35943 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2265 / Rpim(I) all: 0.04809 / Rrim(I) all: 0.2316 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 22.9 % / Rmerge(I) obs: 3.083 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 3515 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.781 / Rpim(I) all: 0.653 / Rrim(I) all: 3.152 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsapp 2.0データ削減
XDSxdsapp 2.0データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20_4459精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ksy

4ksy


解像度: 2→15.96 Å / SU ML: 0.2546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4384
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 1795 4.99 %random selection
Rwork0.2163 34142 --
obs0.2179 35937 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 44 162 3731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00593651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76434952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.29881396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.33251350.32322551X-RAY DIFFRACTION99.89
2.05-2.110.36781350.30042580X-RAY DIFFRACTION99.89
2.11-2.180.27951340.27332555X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.260.30221370.24942593X-RAY DIFFRACTION99.96
2.26-2.350.26751350.24632577X-RAY DIFFRACTION99.96
2.35-2.460.29431360.24182586X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.590.30571380.23812607X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.750.26731370.2322599X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.30381370.23032625X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.250.28021390.22792629X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.720.22421410.20972673X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.670.22081410.17052705X-RAY DIFFRACTION100
4.67-15.960.18681500.19232862X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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