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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zup | ||||||
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タイトル | Human PRMT5:MEP50 structure with Fragment (Example 18) and MTA Bound | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / MTAP / methyl transferase / fragment-based lead discovery / FBDD | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / regulation of mitotic nuclear division / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone methyltransferase activity / E-box binding / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear receptor coactivator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / liver regeneration / DNA-templated transcription termination / circadian regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmad, M.U. / Koelmel, W. / Arkhipova, V. / Lawson, J.D. / Smith, C.R. / Gunn, R.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Fragment optimization and elaboration strategies - the discovery of two lead series of PRMT5/MTA inhibitors from five fragment hits. 著者: Smith, C.R. / Kulyk, S. / Ahmad, M.U.D. / Arkhipova, V. / Christensen, J.G. / Gunn, R.J. / Ivetac, A. / Ketcham, J.M. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Thomas, N.C. / Wang, X. / Marx, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7uy1C ![]() 7uyfC ![]() 7zuqC ![]() 7zuuC ![]() 7zuyC ![]() 7zv2C ![]() 7zvlC ![]() 7zvuC ![]() 8csgC ![]() 8ctbC ![]() 5emlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BQA1 |
-非ポリマー , 4種, 221分子 ![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/JYX.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/JYX.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MTA / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-JYX / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15% PEG3350, 100 mM Na citrate, pH 5.4, 100mM Carboxylic acids |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9197 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→109.59 Å / Num. obs: 39692 / % possible obs: 93.25 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.26 Å / Num. unique obs: 1985 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 90.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5EML 解像度: 2.01→109.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.25 Å2 / Biso mean: 30.724 Å2 / Biso min: 13.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.01→109.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.012→2.064 Å / Total num. of bins used: 20
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