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万見
- PDB-7zrb: Crystal structure of Beta-catenin Armadillo repeats domain in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zrb
タイトルCrystal structure of Beta-catenin Armadillo repeats domain in complex with the inhibitor RS6452
要素Catenin beta-1
キーワードCELL ADHESION / beta-catenin / colon cancer / wnt pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


adherens junction / cell adhesion / cadherin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JKI / Catenin beta 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.434 Å
データ登録者Capelli, D. / Pochetti, G. / Montanari, R.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research イタリア
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023
タイトル: Novel N -(Heterocyclylphenyl)benzensulfonamide Sharing an Unreported Binding Site with T-Cell Factor 4 at the beta-Catenin Armadillo Repeats Domain as an Anticancer Agent.
著者: Nalli, M. / Di Magno, L. / Wen, Y. / Liu, X. / D'Ambrosio, M. / Puxeddu, M. / Parisi, A. / Sebastiani, J. / Sorato, A. / Coluccia, A. / Ripa, S. / Di Pastena, F. / Capelli, D. / Montanari, R. ...著者: Nalli, M. / Di Magno, L. / Wen, Y. / Liu, X. / D'Ambrosio, M. / Puxeddu, M. / Parisi, A. / Sebastiani, J. / Sorato, A. / Coluccia, A. / Ripa, S. / Di Pastena, F. / Capelli, D. / Montanari, R. / Masci, D. / Urbani, A. / Naro, C. / Sette, C. / Orlando, V. / D'Angelo, S. / Biagioni, S. / Bigogno, C. / Dondio, G. / Pastore, A. / Stornaiuolo, M. / Canettieri, G. / Liu, T. / Silvestri, R. / La Regina, G.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
B: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3463
ポリマ－117,9572
非ポリマー3891
水1,54986
1
A: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3682
ポリマ－58,9781
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Catenin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9781
ポリマ－58,9781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.880, 160.240, 79.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1


分子量: 58978.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R8Y804
#2: 化合物 ChemComp-JKI / 4-bromanyl-~{N}-(3-pyridin-2-ylphenyl)benzenesulfonamide


分子量: 389.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H13BrN2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 7-9% (w/v) PEG 6000, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, 5 mM DTT, 15% (v/v) Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→78.84 Å / Num. obs: 12910 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.43→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 1.882 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 646 / CC1/2: 0.358

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SAINTデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TH1

1th1


解像度: 3.434→45.264 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 787 6.1 %
Rwork0.2325 12116 -
obs0.2359 12903 77.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 208.2 Å2 / Biso mean: 79.9514 Å2 / Biso min: 33.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.434→45.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7673 0 23 86 7782
Biso mean--127.04 73.08 -
残基数----1007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65310632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6864811
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4341-3.64920.3583320.328652820
3.6492-3.93080.37291160.2877162964
3.9308-4.32610.31081300.2557220685
4.3261-4.95140.30991820.2333254899
4.9514-6.23570.3371520.26852621100
6.2357-45.2640.22281750.1927258499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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