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- PDB-7zog: Crystal structure of Cryptosporidium parvum -Plasmodium falciparu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zog
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum -Plasmodium falciparum mutant lysyl tRNA synthetase in complex with inhibitor
要素Lysine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JE5 / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dawson, A. / Wyllie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1193840 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Toolkit of Approaches To Support Target-Focused Drug Discovery for Plasmodium falciparum Lysyl tRNA Synthetase.
著者: Milne, R. / Wiedemar, N. / Corpas-Lopez, V. / Moynihan, E. / Wall, R.J. / Dawson, A. / Robinson, D.A. / Shepherd, S.M. / Smith, R.J. / Hallyburton, I. / Post, J.M. / Dowers, K. / Torrie, L.S. ...著者: Milne, R. / Wiedemar, N. / Corpas-Lopez, V. / Moynihan, E. / Wall, R.J. / Dawson, A. / Robinson, D.A. / Shepherd, S.M. / Smith, R.J. / Hallyburton, I. / Post, J.M. / Dowers, K. / Torrie, L.S. / Gilbert, I.H. / Baragana, B. / Patterson, S. / Wyllie, S.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02024年6月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_ncs_dom_lim
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_chi_squared / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_asym.entity_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id
解説: Ligand geometry
詳細: I have (hopefully) repaired the bound lysine (Lys600) so that the OXT atom is included.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-tRNA ligase
B: Lysine-tRNA ligase
C: Lysine-tRNA ligase
D: Lysine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,81318
ポリマ－245,8564
非ポリマー3,95614
水26,3921465
1
A: Lysine-tRNA ligase
B: Lysine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9069
ポリマ－122,9282
非ポリマー1,9787
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area39330 Å2
2
C: Lysine-tRNA ligase
D: Lysine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9069
ポリマ－122,9282
非ポリマー1,9787
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area39710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.103, 118.732, 143.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA45 - 54421 - 520
21ARGARGBB45 - 54421 - 520
12LYSLYSAA - E45 - 60121
22LYSLYSCC - L45 - 60121
13LYSLYSAA - E45 - 60121
23LYSLYSDD - P45 - 60121
14ASNASNBB45 - 54521 - 521
24LYSLYSCC - L45 - 60121
15ASNASNBB45 - 54521 - 521
25LYSLYSDD - P45 - 60121
16LYSLYSCC - L45 - 60121
26LYSLYSDD - P45 - 60121

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Lysine-tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 61464.109 Da / 分子数: 4 / 変異: P272T, N293V, A309S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_2370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物
ChemComp-JE5 / 8-[[4-[2-[2-[2-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]sulfonylamino]-~{N}-(cyclohexylmethyl)-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide


分子量: 703.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40FN6O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % / 解説: rod
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Reservoir: 0.1 M tris, pH 7.8, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→64.9 Å / Num. obs: 226134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1234 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS3.4.3-1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HCW

6hcw


解像度: 1.8→64.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 11382 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 214705 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.38 Å20 Å20.01 Å2
2--4.14 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→64.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15998 0 272 1465 17735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01316674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01515732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.64722465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4051.59236434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96551964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.41522.181885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07153005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.85615104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A165330.05
12B165330.05
21A162150.05
22C162150.05
31A165820.06
32D165820.06
41B160740.05
42C160740.05
51B165740.05
52D165740.05
61C161830.06
62D161830.06
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 842 -
Rwork0.311 15841 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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