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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zhd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CtaZ in complex with Closthioamide | ||||||
要素 | Transcription activator effector binding | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / GYRASE-LIKE DOMAIN / RECEPTOR / SIDEROPHORE / SELF PROTECTION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / DRUG BINDING | ||||||
機能・相同性 | Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Chem-IQ4 / Transcription activator effector binding 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ruminiclostridium cellulolyticum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Gude, F. / Molloy, E.M. / Horch, T. / Dell, M. / Dunbar, K.L. / Krabbe, J. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022 タイトル: A Specialized Polythioamide-Binding Protein Confers Antibiotic Self-Resistance in Anaerobic Bacteria. 著者: Gude, F. / Molloy, E.M. / Horch, T. / Dell, M. / Dunbar, K.L. / Krabbe, J. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zhd.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zhd.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zhd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zhd_validation.pdf.gz | 663.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zhd_full_validation.pdf.gz | 664.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zhd_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zhd_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zheC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17447.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruminiclostridium cellulolyticum (バクテリア) 遺伝子: Ccel_3263 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8I0Z6 |
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-非ポリマー , 5種, 70分子
#2: 化合物 | ChemComp-IQ4 / ~{ | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Na-cacodylate, 200 mM ZnAc2, 18% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 22520 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3648 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.036 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.09 Å2 / Biso mean: 35.699 Å2 / Biso min: 22.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.0722 Å / Origin y: 38.5759 Å / Origin z: 30.2599 Å
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