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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z63 | ||||||
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タイトル | Structure of the LecA lectin from Pseudomonas aeruginosa in complex with a biaryl-thiogalactoside | ||||||
要素 | PA-I galactophilic lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / antiadhesive / thiogalactoside / RNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Varrot, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery of potent 1,1-diarylthiogalactoside glycomimetic inhibitors of Pseudomonas aeruginosa LecA with antibiofilm properties. 著者: Bruneau, A. / Gillon, E. / Furiga, A. / Brachet, E. / Alami, M. / Roques, C. / Varrot, A. / Imberty, A. / Messaoudi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z63.cif.gz | 133 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z63.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7z63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z63_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z63_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z63_validation.xml.gz | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z63_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z63 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7z62C 1okoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal methionine cleaved 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-IE3 / [ #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % / 解説: rod |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: LecA was dissolved in 20 mM Tris HCl pH 8.0 and 100 mM NaCl to a concentration of 16.9 mgmL and incubated for 3h at room temperature with 3.8 mM of compound. drops were made using the ...詳細: LecA was dissolved in 20 mM Tris HCl pH 8.0 and 100 mM NaCl to a concentration of 16.9 mgmL and incubated for 3h at room temperature with 3.8 mM of compound. drops were made using the supernatant after centrifugation at 20000 g for 5 minutes since precipitation was observed and a crystallization solution containing 18% PEG3350, 150 mM potassium thiocyanate (KSCN) and 100 mM Tris HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→45 Å / Num. obs: 48775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 2627 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.186 / Rrim(I) all: 0.347 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OKO 解像度: 1.75→43.131 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.267 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.085 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.131 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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