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- PDB-7yy4: Crystal structure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yy4
タイトルCrystal structure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine adenylyltransferase in complex with Fragment 8
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CoaD / PPAT / nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
6-fluoranylnaphthalene-2-carboxylic acid / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.671 Å
データ登録者Thomas, S.E. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine Adenylyl Transferase Ligand Interactions: Implications for Fragment-Based Drug Design.
著者: Thomas, S.E. / McCarthy, W.J. / El Bakali, J. / Brown, K.P. / Kim, S.Y. / Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Abell, C. / Floto, R.A. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8115
ポリマ－52,4313
非ポリマー3802
水5,116284
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,62210
ポリマ－104,8616
非ポリマー7614
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area13800 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area35570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.945, 124.900, 118.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 17476.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: coaD, MAB_3259c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B1MDL6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-I7W / 6-fluoranylnaphthalene-2-carboxylic acid / 6-フルオロ-2-ナフトエ酸


分子量: 190.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7FO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium bromide, 20-24 % PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→118.95 Å / Num. obs: 64560 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.339 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.364 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 498823
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.67-1.767.81.0897403095070.6460.4191.1682.2
5.28-118.957.30.3111649222500.9260.1210.3356.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O06

5o06


解像度: 1.671→64.891 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 3261 5.05 %
Rwork0.2208 61259 -
obs0.2224 64520 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.97 Å2 / Biso mean: 25.6402 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.671→64.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 28 284 3801
Biso mean--31.96 33.4 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0534999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6611315
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.671-1.6960.35471230.32392730100
1.696-1.72250.35181550.31272659100
1.7225-1.75070.33391100.30132687100
1.7507-1.78090.31051290.30172714100
1.7809-1.81330.31591600.29362665100
1.8133-1.84820.28721590.26292662100
1.8482-1.88590.31151570.2392685100
1.8859-1.92690.29541120.2486197374
1.9269-1.97170.30481610.23462658100
1.9717-2.0210.26981270.23552729100
2.021-2.07570.2721390.22492701100
2.0757-2.13680.26911310.22472683100
2.1368-2.20570.25511580.22492712100
2.2057-2.28460.27411590.2215226786
2.2846-2.3760.26851510.22812688100
2.376-2.48420.27451250.22362717100
2.4842-2.61520.23941600.23172725100
2.6152-2.7790.2641440.22922697100
2.779-2.99360.23941570.21212701100
2.9936-3.29480.24221400.21352751100
3.2948-3.77160.21821390.19652760100
3.7716-4.75150.18361410.17272779100
4.7515-64.8910.24311240.21472916100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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