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万見
- PDB-7xxf: Structure of photosynthetic LH1-RC super-complex of Rhodopila glo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xxf
タイトルStructure of photosynthetic LH1-RC super-complex of Rhodopila globiformis
要素
  • (Light-harvesting ...) x 3
  • (Photosynthetic reaction center ...) x 2
  • (Reaction center protein ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1-RC COMPLEX / PURPLE BACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / HEME C / Chem-I7D / MENAQUINONE-9 / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PGV / UBIQUINONE-10 ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / HEME C / Chem-I7D / MENAQUINONE-9 / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PGV / UBIQUINONE-10 / Photosynthetic reaction center subunit H / Reaction center protein L chain / Light-harvesting protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Light-harvesting protein / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopila globiformis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Tani, K. / Kanno, R. / Kurosawa, K. / Takaichi, S. / Nagashima, K.V.P. / Hall, M. / Yu, L.-J. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. / Mizoguchi, A. ...Tani, K. / Kanno, R. / Kurosawa, K. / Takaichi, S. / Nagashima, K.V.P. / Hall, M. / Yu, L.-J. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Wang-Otomo, Z.-Y.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: An LH1-RC photocomplex from an extremophilic phototroph provides insight into origins of two photosynthesis proteins.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Keigo Kurosawa / Shinichi Takaichi / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Keigo Kurosawa / Shinichi Takaichi / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: Rhodopila globiformis is the most acidophilic of anaerobic purple phototrophs, growing optimally in culture at pH 5. Here we present a cryo-EM structure of the light-harvesting 1-reaction center (LH1- ...Rhodopila globiformis is the most acidophilic of anaerobic purple phototrophs, growing optimally in culture at pH 5. Here we present a cryo-EM structure of the light-harvesting 1-reaction center (LH1-RC) complex from Rhodopila globiformis at 2.24 Å resolution. All purple bacterial cytochrome (Cyt, encoded by the gene pufC) subunit-associated RCs with known structures have their N-termini truncated. By contrast, the Rhodopila globiformis RC contains a full-length tetra-heme Cyt with its N-terminus embedded in the membrane forming an α-helix as the membrane anchor. Comparison of the N-terminal regions of the Cyt with PufX polypeptides widely distributed in Rhodobacter species reveals significant structural similarities, supporting a longstanding hypothesis that PufX is phylogenetically related to the N-terminus of the RC-bound Cyt subunit and that a common ancestor of phototrophic Proteobacteria contained a full-length tetra-heme Cyt subunit that evolved independently through partial deletions of its pufC gene. Eleven copies of a novel γ-like polypeptide were also identified in the bacteriochlorophyll a-containing Rhodopila globiformis LH1 complex; γ-polypeptides have previously been found only in the LH1 of bacteriochlorophyll b-containing species. These features are discussed in relation to their predicted functions of stabilizing the LH1 structure and regulating quinone transport under the warm acidic conditions.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: An LH1-RC photocomplex from an extremophilic phototroph provides insight into origins of two photosynthesis proteins
著者: Tani, K. / Kanno, R. / Kurosawa, K. / Takaichi, S. / Nagashima, K.V.P. / Hall, M. / Yu, L.-J. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Wang-Otomo, Z.-Y.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Photosynthetic reaction center H subunit
A: Light-harvesting protein
B: Light-harvesting protein
D: Light-harvesting protein
E: Light-harvesting protein
F: Light-harvesting protein
G: Light-harvesting protein
I: Light-harvesting protein
J: Light-harvesting protein
K: Light-harvesting protein
N: Light-harvesting protein
O: Light-harvesting protein
P: Light-harvesting protein
Q: Light-harvesting protein
R: Light-harvesting protein
S: Light-harvesting protein
T: Light-harvesting protein
U: Light-harvesting protein
V: Light-harvesting protein
W: Light-harvesting protein
X: Light-harvesting protein
Y: Light-harvesting protein
Z: Light-harvesting protein
1: Light-harvesting protein
2: Light-harvesting protein
3: Light-harvesting protein
4: Light-harvesting protein
5: Light-harvesting protein
6: Light-harvesting protein
7: Light-harvesting protein
8: Light-harvesting protein
9: Light-harvesting protein
0: Light-harvesting protein
a: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
b: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
c: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
d: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
e: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
f: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
g: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
h: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
i: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
j: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
k: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)481,882145
ポリマ－400,14547
非ポリマー81,73698
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosynthetic reaction center ... , 2種, 2分子 CH

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 37945.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6NEK5
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28383.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6MZS1

-
Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM

#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30697.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6NEG7
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 36345.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6NEP5

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Light-harvesting ... , 3種, 43分子 ADFIKOQSUWY13579BEGJNPRTVXZ246...

#5: タンパク質
Light-harvesting protein


分子量: 7048.523 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6NEK3
#6: タンパク質
Light-harvesting protein


分子量: 7877.075 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6NEL9
#7: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein LH1 Gamma-like


分子量: 2542.199 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodopila globiformis (バクテリア)

-
糖 , 1種, 5分子

#13: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 631分子

#8: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#12: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#14: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#16: 化合物
ChemComp-I7D / (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E},28~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-dodecaen-5-one / R.g.Keto-II / 1,1′-ジメトキシ-3′,4′-ジデヒドロ-1,1′,2,2′-テトラヒドロ-ψ,ψ-カロテン-4-オン


分子量: 612.924 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodopila globiformis
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 38.9 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128119 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 40 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5Y5S

5y5s

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00630386
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.57141735
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.60311949
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0484290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044854

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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