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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwk | ||||||
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タイトル | structure of patulin-detoxifying enzyme Y155F with NADPH and substrate | ||||||
要素 | Short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenases/reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meyerozyma guilliermondii (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, L. / Li, H. / Hu, Y. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Structure-based rational design of a short-chain dehydrogenase/reductase for improving activity toward mycotoxin patulin. 著者: Dai, L. / Li, H. / Huang, J.W. / Hu, Y. / He, M. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xwk.cif.gz | 201.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xwk.ent.gz | 160.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xwk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xwk_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xwk_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xwk_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xwk_validation.cif.gz | 61 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27357.078 Da / 分子数: 4 / 変異: Y155F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Meyerozyma guilliermondii (菌類) / 遺伝子: SDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A888VSF1, alcohol dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-I8L / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22-23% PEG Smear Broad, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→35.28 Å / Num. obs: 53451 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 0.4457 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.4457 / Num. unique obs: 2199 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7XWI 解像度: 2.12→35.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 7.438 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.2724 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.95 Å2 / Biso mean: 22.959 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.12→35.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.175 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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