[日本語] English
万見
- PDB-7xw8: Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with TA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xw8
タイトルCrystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with TAK-418 distomer, FAD-adduct
要素Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / TAK-418 / distomer / FAD-adduct
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation ...guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to cAMP / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of protein ubiquitination / negative regulation of protein binding / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / HDMs demethylate histones / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / p53 binding / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / cellular response to UV / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / flavin adenine dinucleotide binding / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FA8 / Chem-I00 / Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Oki, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, synthesis, and structure-activity relationship of TAK-418 and its derivatives as a novel series of LSD1 inhibitors with lowered risk of hematological side effects.
著者: Hattori, Y. / Matsumoto, S. / Morimoto, S. / Daini, M. / Toyofuku, M. / Matsuda, S. / Baba, R. / Murakami, K. / Iwatani, M. / Oki, H. / Iwasaki, S. / Matsumiya, K. / Tominari, Y. / Kimura, H. / Ito, M.
履歴
登録2022年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0496
ポリマ－73,8531
非ポリマー1,1965
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area30330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)184.727, 184.727, 108.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / ...BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(4) FAD-dependent demethylase 1A


分子量: 73853.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase

-
非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FA8 / [[(2R,3S,4S)-5-[(4AS)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-4A,5-DIHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10-YL]-2,3,4-TRIHYDROXY-PENTOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYL] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / 詳細: TAK-418 distomer, covalently bound on FAD / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-I00 / ~{N}-(oxan-4-yl)-5-(3-oxidanylidenepropyl)thiophene-3-carboxamide / TAK-418 derivertive


分子量: 267.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole-HCl (pH 6.5), 10% PEG 3350, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97645 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 50185 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 1076060
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.28-2.3220.324550.9270.3390.985100
2.32-2.3622.124700.9360.2340.978100
2.36-2.4122.224620.9430.2020.9981000.9350.956
2.41-2.4622.224520.9660.1730.9861000.7980.816
2.46-2.5122.224670.9740.1461.0071000.6720.688
2.51-2.5722.224860.9790.1271.0031000.5840.598
2.57-2.6322.224630.9870.1091.011000.5030.515
2.63-2.721.824860.9810.1141.4031000.5190.532
2.7-2.7822.224960.9910.0791.0091000.3640.373
2.78-2.8722.124740.9940.0621.0031000.2850.291
2.87-2.9822.125000.9970.0471.0091000.2170.223
2.98-3.0922.124830.9970.0391.0041000.180.184
3.09-3.242225010.9980.0281.0091000.1310.134
3.24-3.4121.825180.9990.0240.9981000.110.113
3.41-3.6221.225040.9990.0231.0761000.1020.105
3.62-3.919.825260.9980.0231.081000.10.103
3.9-4.2920.625370.9990.0180.9951000.0790.081
4.29-4.912025570.9990.0160.9991000.070.071
4.91-6.1920.126010.9990.01511000.0670.069
6.19-5019.9274710.0080.9799.60.0360.037

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.464
最高解像度最低解像度
Rotation44.37 Å2.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z5U

2z5u


解像度: 2.28→44.409 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.607 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.178
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 2413 4.832 %
Rwork0.1981 47524 -
all0.2 --
obs-49937 99.436 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.279 Å20.639 Å20 Å2
2--1.279 Å20 Å2
3----4.149 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→44.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5012 0 79 202 5293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.6557058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7985636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16822.682261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.81715890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9921531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.150.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7016.3152553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.41810.5983186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7327.0952646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.50411.4893872
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.99165.1627646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.3390.2931850.2713395X-RAY DIFFRACTION98.8404
2.339-2.4030.2811650.2393408X-RAY DIFFRACTION100
2.403-2.4730.3031650.2413271X-RAY DIFFRACTION100
2.473-2.5490.2321510.223228X-RAY DIFFRACTION99.9704
2.549-2.6320.2591510.2093098X-RAY DIFFRACTION100
2.632-2.7240.3451700.2532999X-RAY DIFFRACTION99.7168
2.724-2.8270.2461630.22889X-RAY DIFFRACTION100
2.827-2.9420.2551330.212824X-RAY DIFFRACTION99.9662
2.942-3.0720.2771380.2092690X-RAY DIFFRACTION100
3.072-3.2210.2391230.2022581X-RAY DIFFRACTION100
3.221-3.3950.2441230.212454X-RAY DIFFRACTION99.4597
3.395-3.60.2551160.2132300X-RAY DIFFRACTION98.5318
3.6-3.8470.2581250.2292091X-RAY DIFFRACTION95.5172
3.847-4.1530.2251090.1852010X-RAY DIFFRACTION98.1473
4.153-4.5460.171940.1561916X-RAY DIFFRACTION99.9006
4.546-5.0780.194880.1581740X-RAY DIFFRACTION99.9453
5.078-5.8530.21720.1741557X-RAY DIFFRACTION100
5.853-7.1440.233680.211344X-RAY DIFFRACTION100
7.144-10.0020.11480.1421064X-RAY DIFFRACTION100
10.002-44.4090.128260.18665X-RAY DIFFRACTION98.433

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る