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- PDB-7xme: Structure of Influenza A virus polymerase basic protein 2 (PB2) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xme
タイトルStructure of Influenza A virus polymerase basic protein 2 (PB2) with an azazindole derivative
要素Polymerase basic protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GIH / IODIDE ION / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.521 Å
データ登録者Zhang, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a novel azaindole derivatives targeting the influenza PB2 cap binding region
著者: Zhang, Z. / Liu, X.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
B: Polymerase basic protein 2
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,96912
ポリマ－75,5044
非ポリマー2,4658
水97354
1
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4923
ポリマ－18,8761
非ポリマー6162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4923
ポリマ－18,8761
非ポリマー6162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4923
ポリマ－18,8761
非ポリマー6162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4923
ポリマ－18,8761
非ポリマー6162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.791, 31.306, 114.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-311-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 18875.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31345
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-GIH / (2~{S},3~{S})-3-[[5-dimethoxyphosphoryl-4-(5-fluoranyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid


分子量: 489.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25FN5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Soudium,BIS-Tris propane pH 8.5,PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.521→88.016 Å / Num. obs: 21874 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.521→2.565 Å / Num. unique obs: 1099 / CC1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P1U

4p1u


解像度: 2.521→45.958 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3297 1063 4.87 %
Rwork0.2501 20780 -
obs0.2539 21843 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.35 Å2 / Biso mean: 39.0721 Å2 / Biso min: 23.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.521→45.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4817 0 236 54 5107
Biso mean--30.3 33.49 -
残基数----618
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5213-2.6360.39821230.3052591
2.636-2.7750.41221290.31322539
2.775-2.94880.38041320.29362551
2.9488-3.17640.35271350.27532578
3.1764-3.4960.34711230.25912586
3.496-4.00160.32731260.22452588
4.0016-5.04060.27561580.20172608
5.0406-90.29941370.24762739
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.1241 Å / Origin y: -9.2295 Å / Origin z: 28.1097 Å
111213212223313233
T0.4886 Å2-0.0154 Å20.1653 Å2-0.1766 Å2-0.019 Å2--0.2861 Å2
L0.2612 °2-0.0561 °20.0041 °2-0.1832 °2-0.0922 °2--0.1093 °2
S-0.0155 Å °0.0132 Å °-0.0568 Å °-0.0169 Å °0.0061 Å °0.0291 Å °0.0467 Å °-0.056 Å °0.0252 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA21 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1allB21 - 182
3X-RAY DIFFRACTION1allC21 - 183
4X-RAY DIFFRACTION1allD21 - 183
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 71
7X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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