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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xj0 | ||||||
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タイトル | Structure of human TRPV3 in complex with Trpvicin | ||||||
要素 | Fusion protein of Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 and 3C-GFP | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, J. / Yue, Z. / Jiang, D. / Lei, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis of TRPV3 inhibition by an antagonist. 著者: Junping Fan / Linghan Hu / Zongwei Yue / Daohong Liao / Fusheng Guo / Han Ke / Daohua Jiang / Yong Yang / Xiaoguang Lei / 要旨: The TRPV3 channel plays vital roles in skin physiology. Dysfunction of TRPV3 causes skin diseases, including Olmsted syndrome. However, the lack of potent and selective inhibitors impedes the ...The TRPV3 channel plays vital roles in skin physiology. Dysfunction of TRPV3 causes skin diseases, including Olmsted syndrome. However, the lack of potent and selective inhibitors impedes the validation of TRPV3 as a therapeutic target. In this study, we identified Trpvicin as a potent and subtype-selective inhibitor of TRPV3. Trpvicin exhibits pharmacological potential in the inhibition of itch and hair loss in mouse models. Cryogenic electron microscopy structures of TRPV3 and the pathogenic G573S mutant complexed with Trpvicin reveal detailed ligand-binding sites, suggesting that Trpvicin inhibits the TRPV3 channel by stabilizing it in a closed state. Our G573S mutant structures demonstrate that the mutation causes a dilated pore, generating constitutive opening activity. Trpvicin accesses additional binding sites inside the central cavity of the G573S mutant to remodel the channel symmetry and block the channel. Together, our results provide mechanistic insights into the inhibition of TRPV3 by Trpvicin and support TRPV3-related drug development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xj0.cif.gz | 452.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xj0.ent.gz | 347.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xj0_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xj0_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xj0_validation.xml.gz | 85.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xj0_validation.cif.gz | 120.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/7xj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/7xj0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120835.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The domain (792-799) is PreScission Site. The rest domain (800-1033) is corresponding to this sfGFP (2-235 amino acids). 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B2KYM6 #2: 化合物 | ChemComp-6OU / [( #3: 化合物 | ChemComp-EQK / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPV3 in complex with an antagonist / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEK293 |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 503757 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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