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- PDB-7xbi: The crystal structure of human TrkA kinase bound to the inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbi
タイトルThe crystal structure of human TrkA kinase bound to the inhibitor
要素High affinity nerve growth factor receptor
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Kinase / inhibitor / TRKA / NTRK
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / programmed cell death involved in cell development / Signalling to STAT3 / response to hydrostatic pressure / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation ...behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / programmed cell death involved in cell development / Signalling to STAT3 / response to hydrostatic pressure / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation / nerve growth factor receptor activity / neurotrophin binding / GPI-linked ephrin receptor activity / axonogenesis involved in innervation / nerve growth factor signaling pathway / Sertoli cell development / Retrograde neurotrophin signalling / nerve growth factor binding / sympathetic nervous system development / NGF-independant TRKA activation / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of synapse assembly / PI3K/AKT activation / Frs2-mediated activation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of GTPase activity / response to electrical stimulus / Signalling to RAS / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / neuron development / response to axon injury / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon guidance / : / cellular response to nerve growth factor stimulus / circadian rhythm / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / response to nutrient levels / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / kinase binding / positive regulation of angiogenesis / neuron projection development / late endosome / protein autophosphorylation / late endosome membrane / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / early endosome membrane / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / protein phosphorylation / learning or memory / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling receptor complex / endosome membrane / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / axon / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Leucine rich repeat / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CVY / High affinity nerve growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Wu, C.Y. / Wang, G. / Ouyang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)81922064 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The crystal structure of human TrkA kinase bound to the inhibitor
著者: Wu, C.Y. / Wang, G. / Ouyang, L.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity nerve growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9903
ポリマ－35,3491
非ポリマー6412
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.010, 52.010, 229.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 High affinity nerve growth factor receptor / Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / ...Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / Tropomyosin-related kinase A / Tyrosine kinase receptor / Tyrosine kinase receptor A / Trk-A / gp140trk / p140-TrkA


分子量: 35348.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK1, MTC, TRK, TRKA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04629, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CVY / 4-[[2-fluoranyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoylamino]-~{N}-[3-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-indazol-5-yl]-2-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 605.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H18F7N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na2HPO4/KH2PO4 pH=6.2, 2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→29.16 Å / Num. obs: 19481 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 215614
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.16-2.2211.51.6471574613740.5890.5021.7232.199.1
9.66-29.169.40.04524532600.9990.0140.04735.397.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoXDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6pl4

6pl4


解像度: 2.16→29.16 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1960 10.08 %
Rwork0.1881 17491 -
obs0.1939 19451 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.28 Å2 / Biso mean: 47.8983 Å2 / Biso min: 17.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 62 72 2523
Biso mean--48.06 40.03 -
残基数----299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.16-2.210.30241390.24551191133099
2.21-2.270.31161360.23851232136899
2.27-2.340.29171380.22451227136599
2.34-2.420.29091330.21311235136899
2.42-2.50.27951410.19211246138799
2.5-2.60.25841410.20931253139499
2.6-2.720.27841340.19781217135199
2.72-2.860.24531370.20341242137999
2.86-3.040.22371430.196212521395100
3.04-3.280.2621430.198212611404100
3.28-3.610.23421420.17812361378100
3.61-4.130.20591370.15912741411100
4.13-5.20.20311390.158113021441100
5.2-29.160.27071570.198413231480100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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