PDB-7x17: Structure of Pseudomonas NRPS protein, AmbB-TC bound to Ppant-L-Ala

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x17

タイトル

Structure of Pseudomonas NRPS protein, AmbB-TC bound to Ppant-L-Ala

要素

AMB antimetabolite synthase AmbB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / AmbB / Pseudomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

ChuYuanKee, M. / Bharath, S.R. / Song, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the substrate-bound condensation domains of non-ribosomal peptide synthetase AmbB.
著者: Chu Yuan Kee, M.J. / Bharath, S.R. / Wee, S. / Bowler, M.W. / Gunaratne, J. / Pan, S. / Zhang, L. / Song, H.

履歴

登録	2022年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x17.cif.gz	426.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x17.ent.gz	278 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x17_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x17_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7x17_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	7x17_validation.cif.gz	86.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x0eSC 7x0fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AMB antimetabolite synthase AmbB

B: AMB antimetabolite synthase AmbB

C: AMB antimetabolite synthase AmbB

D: AMB antimetabolite synthase AmbB

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AMB antimetabolite synthase AmbB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: AMB antimetabolite synthase AmbB

ヘテロ分子

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56.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: AMB antimetabolite synthase AmbB

ヘテロ分子

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4

D: AMB antimetabolite synthase AmbB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	198.498, 71.610, 173.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

#1: タンパク質	AMB antimetabolite synthase AmbB / L-alanine--[L-alanyl-carrier protein] ligase / Nonribosomal peptide synthase AmbB 分子量: 55970.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ambB, PA2305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I1H0, L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物	ChemComp-868 / S-[2-[3-[[(2S)-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2R)-2-azanylpropanethioate 分子量: 429.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈N₃O₈PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M MES pH 6.6, 0.2M ammonium nitrate, 15% PEG 3350, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.83 Å / Num. obs: 78940 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.52 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4499 / CC_1/2: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X0E

7x0e

解像度: 2.5→46.59 Å / SU ML: 0.3807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.8858
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	3952	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2464	74922	-	-
obs	0.249	78874	98.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13273	0	104	416	13793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	13592
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4603	18456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0358	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	2409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.069	1959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3766	155	0.3126	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.53-2.56	0.3154	155	0.3024	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.56-2.6	0.3477	148	0.3021	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.6-2.63	0.3499	134	0.29	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.63-2.67	0.3446	122	0.2965	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.67-2.71	0.3306	151	0.283	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.71-2.75	0.3258	136	0.275	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.75-2.8	0.3136	135	0.2823	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.8-2.84	0.3701	157	0.2828	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.84-2.9	0.3739	132	0.2762	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.9-2.95	0.3265	147	0.2743	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.95-3.01	0.3054	142	0.2556	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.01-3.08	0.3391	138	0.2573	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.08-3.15	0.3195	142	0.2695	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.15-3.23	0.3255	142	0.2574	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.23-3.32	0.296	135	0.26	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.32-3.41	0.3002	152	0.2509	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.41-3.52	0.2896	141	0.2417	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.52-3.65	0.3253	146	0.2278	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.65-3.8	0.298	160	0.2216	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.8-3.97	0.311	133	0.232	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.97-4.18	0.2584	121	0.2205	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.18-4.44	0.277	131	0.2108	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.16
4.44-4.78	0.2448	127	0.2026	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.78-5.26	0.2693	130	0.2104	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.64
5.26-6.02	0.2843	149	0.2526	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.09
6.02-7.58	0.2745	156	0.2477	2709	X-RAY DIFFRACTION	98.42
7.58-46.59	0.2072	135	0.2052	2417	X-RAY DIFFRACTION	85.35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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